Генмакс сигнализация инструкция: инструкция по эксплуатации автосигнализации и схема подключения, видео по установке своими руками

f (t) ∼GP (m (t), Σ (t, t ′)).

[yf *] ∼N (0, [Σ (T, T) + Σϵ (T, T) Σ (T, T *) Σ (T *, T) Σ (T *, T *)]).

y∼N (0, Σ (T, T) + Σϵ (T, T)).

m * = E [f * | y] = Σ (T *, T) [Σ (T, T) + Σ (T, T)] — 1y

Σ * = Σ (T *, T *) — Σ (T *, T) [Σ (T, T) + Σϵ (T, T)] — 1Σ (T, T *).

ΣSE (t, t ′) = σf2e− (t − t ′) 22ℓ2.

Σϵ = diag (σN2 + s12,…, σN2 + sn2).

lnp (y | T) = — 12yTΣobs − 1y − 12ln⁡ | Σobs | −n2ln2π,

2.4 Ранжирование по байесовским факторам

2.5 Применение методов в трех различных условиях

Предполагая, что у нас есть транскриптов M , уровни экспрессии которых были оценены в n временных точек, обозначим k-ю выборку MCMC из оценок уровня экспрессии (измеренных в RPKM) транскрипта m во время t через θmtk , для t = 1,…, n, m = 1,…, M и k = 1,…, 500. Здесь мы объясним, как мы определяем вектор наблюдения y и фиксированные дисперсии (s12,…, sn2), которые мы включили в матрицу ковариации шума Σϵ в наших моделях GP в трех различных параметрах:

2.5.1 Уровень генов

yjt, gen = Ek (log⁡ (∑m∈Ijθmtk)),

sjt, gen2 = max⁡ (sjt, gen2bitseq, sjt, gen2modeled),

sjt, gen2bitseq = Vark (log⁡ (∑m∈Ijθmtk))

2.5.2 Абсолютная расшифровка уровня

ymt, abs = Ek (log⁡ (θmtk)),

smt, abs2 = max⁡ (smt, abs2bitseq, smt, abs2modeled) ,

smt, abs2bitseq = Vark (log⁡ (θmtk))

2.5.3 Уровень относительной расшифровки

ymt, rel = Ek (θmtk∑m∈Ijθmtk),

smt, rel2 = max⁡ (smt, rel2bitseq, smt, rel2modeled),

smt, rel2bitseq = Vark (θmtk∑m∈Ijθmtk)

smt, rel2modeled = (smt, abs2 + sjt, gen2) (ymt, rel) 2.

2.6 Моделирование дисперсии, зависящей от среднего

yg, j (r) ∼Norm (μg, j, 1λg, j),

Установка μg, j фиксированное на среднем значении образцов MCMC по повторам, мы применяем алгоритм Метрополиса-Хастингса для оценки гиперпараметров α _g и β _g для каждой группы генов g . ж) по групповым средствам.

Подробную информацию об оценке гиперпараметров с помощью алгоритма Метрополиса-Гастингса можно найти в «Дополнительном тексте».

2.7 Оценка методов оценки дисперсии и преобразования признаков с синтетическими данными

Хотя технологии высокопроизводительного секвенирования стали менее дорогостоящими за последнее десятилетие, компромисс между стоимостью и количеством реплик по-прежнему остается важным фактором, с которым следует обращаться с осторожностью.Повторение измерений в каждый момент времени, особенно в экспериментах с временными рядами, может быть очень дорогостоящим.

Здесь мы оцениваем наш метод при разных планах экспериментов с разным количеством повторов, разрабатывая соответствующие методы оценки дисперсии для каждого плана.

Для этой цели мы смоделировали мелкомасштабные данные временных рядов RNA-seq и сравнили производительность различных методов оценки дисперсии в моделях GP, когда реплики доступны только в некоторые моменты времени или отсутствуют вообще. Мы смоделировали чтение РНК-seq в 10 временных точках (t∈ {1,…, 10}) для 15 530 транскриптов, происходящих из 3811 генов в хромосоме 1 в транскриптоме Homo_sapiens.GRCh47.73. Уровни экспрессии 384 (≈ 10%) генов меняются во времени, в то время как остальные неизменны, за исключением шума. Точно так же 2868 (≈ 18%) и 1530 (≈ 10%) транскриптов были сгенерированы из модели, зависящей от времени, в абсолютном и относительном уровнях экспрессии, соответственно. Как известно, данные РНК-seq имеют отрицательное биномиальное распределение (Robinson et al., 2010), мы сгенерировали три повтора в каждый момент времени из отрицательного биномиального распределения, в котором дисперсия (σ2) зависит от среднего ( μ ) и параметра сверхдисперсии (ϕ) с функцией σ2 = μ + ϕ2μ2. Мы смоделировали три серии экспериментов с параметром избыточной дисперсии (ϕ), установленным на 0,05, 0,1 и 0,2.

Мы сравниваем средние значения точности (AP) методов, в которых дисперсии, включенные в ковариационную матрицу шума моделей GP, оцениваются разными способами. Мы можем перечислить методы оценки дисперсии следующим образом: Кроме того, мы вычисляем вариации BitSeq для относительных уровней экспрессии транскриптов после применения следующих преобразований:

• unrep_naive : стандартная регрессия GP, которая не включает информацию о дисперсии в матрицу ковариации шума. Другими словами, ковариационная матрица шума в уравнении 10 не включает в себя никаких фиксированных дисперсий st2.

• n-rep_naive : Стандартная регрессия GP, которая не включает информацию о дисперсии в матрицу ковариации шума.Однако во все временные точки доступно n реплик.

• unrep_bitseq : В каждый момент времени доступно только одно наблюдение. Средние и дисперсии оценок уровня экспрессии вычисляются с использованием выборок BitSeq MCMC.

• n-rep_bitseq : идеальный случай, когда n реплик доступны во все моменты времени. Дисперсии BitSeq вычисляются отдельно для каждой реплики и включаются в ковариационную матрицу шума.

• unrep_modeled : Есть три повтора только в первый момент времени и только одно наблюдение в другие моменты времени. В первый момент времени гены делятся на группы со схожими средними уровнями экспрессии, и для каждой группы оцениваются средне-зависимые отклонения. Затем моделируются дисперсии уровней экспрессии гена и транскрипта в нереплицированные моменты времени путем сглаживания групповых дисперсий, как описано в разделе 2.6. Мы используем смоделированные отклонения в нереплицированные моменты времени, если они превышают отклонения BitSeq, и мы используем отклонения BitSeq для каждой репликации в первый момент времени.

• Преобразование изометрического логарифмического отношения (ILRT) : это популярное преобразование, которое используется для преобразования композиционных данных в линейно независимые компоненты (Aitchison and Egozcue, 2005; Egozcue et al. , 2003). ILRT ​​для набора из м. пропорций {p1, p2,…, pm} применяется путем взятия компонентного логарифма и вычитания константы 1m∑klog⁡ (pk) из каждой логарифмической составляющей. Это приводит к значениям qi = log⁡ (pi) −1m∑k = 1mlog⁡ (pk), где ∑klog⁡ (qk) = 0.

• Преобразование изометрического отношения (IRT) : Аналогично приведенному выше преобразованию, но без логарифма, то есть qi = pi (∏k = 1mpk) 1m.

3 Результаты и обсуждение

3.1 Сравнение методов оценки дисперсии с смоделированными данными

Смоделировав данные RNA-seq, мы оценили средние уровни экспрессии и отклонения от образцов, сгенерированных BitSeq отдельно для каждой реплики в каждый момент времени.Мы оценили наш метод ранжирования на основе GP с различными методами оценки дисперсии в сценарии, когда реплики доступны не во все моменты времени. Как видно на рисунке 2, использование вариаций BitSeq в моделях GP в нереплицированном сценарии дает более высокую точку доступа, чем наивное применение моделей GP без вариаций BitSeq. L-образный дизайн с тремя повторениями в первый момент времени и модель дисперсии, зависящей от среднего, еще больше повышают точность методов. В этой модели мы используем образцы BitSeq этих реплик для моделирования отклонений, зависящих от среднего, и мы распространяем дисперсии на остальную часть временного ряда и используем эти смоделированные отклонения, если они больше, чем отклонения BitSeq нереплицированных измерений.Сравнение кривых точного отзыва на рисунке 2 показывает, что этот подход приводит к более высокому AP для всех настроек. Мы также заметили, что смоделированные дисперсии становятся более полезными для высокоэкспрессированных транскриптов, когда повышается избыточная дисперсия, как можно увидеть на рисунке 3, на котором точность и полнота были вычислены с учетом только транскриптов со средним логарифмическим выражением не менее 4 log RPKM. На рисунках также показано условное пороговое значение log⁡ (BF)> 3. Это подчеркивает тот факт, что наивная модель может быть очень антиконсервативной, что приводит к большому количеству ложных срабатываний.

Рис. 2.

Кривые точности – отзыва для ГП с различными методами оценки дисперсии и параметрами избыточной дисперсии (ϕ). Цифры в легенде обозначают AP методов (эквивалент площади под кривой). Кружками обозначено значение log отсечки (BF)> 3. Низкие значения точности, скрытые легендой, соответствуют высокому уровню ложного обнаружения (FDR), который не будет использоваться на практике.

Рис. 2.

Кривые точности – отзыва для ГП с разными методами оценки дисперсии и параметрами избыточной дисперсии (ϕ).Цифры в легенде обозначают AP методов (эквивалент площади под кривой). Кружками обозначено значение log отсечки (BF)> 3. Низкие значения точности, скрытые легендой, соответствуют высокому уровню ложного обнаружения (FDR), который не будет использоваться на практике.

Рис. 3.

Кривые прецизионности – отзыва для врачей общей практики с различными методами оценки дисперсии и параметрами сверхдисперсии (ϕ) для высокоэкспрессированных (среднее значение log-RPKM ≥ 4) транскриптов. Цифры в легенде обозначают AP методов (эквивалент площади под кривой). Кружками обозначено значение log отсечки (BF)> 3.

Рис. 3.

Кривые прецизионности – отзыва для врачей общей практики с различными методами оценки дисперсии и параметрами избыточной дисперсии (ϕ) для высокоэкспрессированных (среднее значение log-RPKM ≥ 4) транскриптов. Цифры в легенде обозначают AP методов (эквивалент площади под кривой). Кружками обозначено значение log отсечки (BF)> 3.

На рис. 2 также показаны результаты для временных рядов с полностью двусторонней и трехсторонней репликацией.Введение второй реплики в каждый момент времени значительно улучшает производительность, в то время как предельная выгода от третьей реплики намного меньше. Введение вариаций BitSeq значительно увеличивает точность анализа на уровне транскриптов, особенно для относительной экспрессии транскриптов.

3.2 Сравнение методов преобразования признаков по относительным уровням экспрессии транскриптов с синтетическими данными

Уровни относительной экспрессии транскрипта представляют собой особый тип данных, называемых композиционными данными, поскольку они всегда в сумме равны 1 для каждого гена. Это свойство создает искусственную отрицательную корреляцию между транскриптами, что может усложнить анализ. В литературе для этой задачи рекомендовано несколько методов преобразования. ILRT ​​- одно из наиболее часто используемых преобразований для разрыва линейной зависимости между пропорциями.

Мы применили ILRT, а также его незарегистрированную версию (IRT) для определения относительных уровней экспрессии транскриптов. Вычисляя отклонения BitSeq для преобразованных значений, мы сравнили производительность нашего метода с производительностью, когда преобразование не применялось.Как видно на дополнительном рисунке 1, мы заметили, что преобразования функций не были полезны для повышения производительности нашего метода. Поэтому мы не применяли никаких преобразований к относительным уровням экспрессии при анализе реальных данных. Причина их низкой производительности может заключаться в том, что новое преобразование было плохо совместимо с нашей моделью GP и моделями дисперсии.

3″> 3.3 Дифференциальный сплайсинг в ER- α сигнальный ответ

Ободренные хорошими характеристиками смоделированных дисперсий и особенно их хорошим контролем ложноположительных результатов, мы применяем этот метод к реальным данным, используя передачу сигналов рецептора эстрогена- α (ER- α ) в качестве модельной системы с использованием RNA-seq. данные временных рядов из Honkela et al. (2015) (присоединение GSE62789 в GEO).

Набор данных содержит данные последовательности РНК, полученные для линий клеток рака молочной железы MCF7, обработанных эстрадиолом в 10 различных временных точках (0, 5, 10, 20, 40, 80, 160, 320, 640 и 1280 мин). Мы относимся к первым трем временным точкам, как если бы они были репликами, измеренными в тот же момент времени, чтобы соответствовать модели дисперсии. Этот подход является разумным, потому что система запускается из неподвижного устойчивого состояния, и ожидается, что в течение первых 10 минут произойдет только очень небольшая новая транскрипция.

Мы строим наш эталонный транскриптом из gencode.v19, комбинируя последовательности кДНК, кодирующие белок, длинные некодирующие последовательности РНК и последовательности пре-мРНК. Эталонный транскриптом содержит 34 608 генов и их 119 207 транскриптов. Мы исключаем 15 346 генов с одним транскриптом из наших анализов на уровне транскриптов.

Количество недифференциально экспрессируемых (не DE) и DE генов, которые имеют по крайней мере один транскрипт, принадлежащий к соответствующим группам транскриптов abs-rel (абсолютные-относительные) (DE-DE, nonDE-DE, DE-nonDE, nonDE- nonDE) приведены в таблице 1.Мы предположили, что транскрипт экспрессируется только в том случае, если он имеет по крайней мере 1 уровень экспрессии RPKM в двух последовательных временных точках, и мы проигнорировали невыраженные транскрипты, которые не удовлетворяют этому критерию, чтобы избежать шума, происходящего от слабо экспрессируемых транскриптов. Мы называем гены и транскрипты абсолютными уровнями экспрессии DE, если сглаженное GP-кратное изменение (отношение максимальной средней экспрессии GP к минимальной средней экспрессии GP) составляет не менее 1,5, а коэффициент log-Байеса больше 3. Мы установили те же пороги для относительных уровней экспрессии транскриптов, за исключением кратного изменения, которое мы заменили условием, что разница между GP-сглаженными максимальной и минимальной пропорциями будет больше 0,1.

Количество генов nonDE и DE, которые имеют по крайней мере один транскрипт, принадлежащий к соответствующим группам абсолютных относительных (abs-rel) транскриптов

Количество генов nonDE и DE, которые имеют хотя бы один транскрипт, принадлежащий к соответствующим группам абсолютных относительных (абс-относительных) транскриптов

Согласно таблице, около 11% генов подвергаются либо дифференциальному сплайсингу, либо имеют транскрипты DE.Существует значительное количество генов, которые не называются DE или дифференциально сплайсированы, но имеют по крайней мере один транскрипт DE. Модель, подходящую для этих генов, можно просмотреть в браузере онлайн-моделей, что показывает, что многие из этих примеров, вероятно, связаны с более низкой чувствительностью обнаружения изменения относительной экспрессии. Также есть много случаев, когда сигнал абсолютной экспрессии одного транскрипта кажется очень чистым, но другие транскрипты искажают гены и сигналы относительной экспрессии, делая их более похожими на шум.

3.4 Свидетельства о различных режимах регулирования сварки

Результаты в таблице 1 предполагают, что разные гены используют разные стратегии для регуляции сплайсинга. Это подтверждается визуальным наблюдением за подбором моделей, доступным в онлайн-браузере моделей. Наглядные примеры генов из разных классов показаны на рисунке 4.

Рис. 4.

профили GP трех примеров генов и их транскриптов.Столбики ошибок указывают ± 2 интервала фиксированного стандартного отклонения (квадратный корень из фиксированной дисперсии), а цветные области указывают доверительные области ± 2 стандартного отклонения для прогнозируемых моделей GP. Транскрипты показаны одним цветом на графиках абсолютного (b, e, h) и относительного (c, f, i) уровня экспрессии транскрипта. Перед моделированием GP временные точки были преобразованы с помощью преобразования log⁡ (t + 5).

Рис. 4.

Профили GP трех примерных генов и их транскриптов. Планки погрешностей указывают ± 2 интервала фиксированного стандартного отклонения (квадратный корень из фиксированной дисперсии), а цветные области указывают доверительные интервалы ± 2 стандартного отклонения для прогнозируемых моделей GP. Транскрипты показаны одним цветом на графиках абсолютного (b, e, h) и относительного (c, f, i) уровня экспрессии транскрипта. Перед моделированием GP временные точки были преобразованы с помощью преобразования log⁡ (t + 5).

Ген GRHL3 в верхнем ряду показывает пример гена, в котором относительные пропорции различных транскриптов остаются постоянными на протяжении всего эксперимента, даже если экспрессия гена изменяется. Это довольно распространенный случай. Даже при использовании строгих критериев отсутствия изменений в относительной экспрессии (log-BF <1) почти 450 генов следуют этой схеме.

Гены RHOQ и MTCh3 в средних и нижних рядах показывают два немного разных интересных примера, когда абсолютный уровень экспрессии одного из транскриптов остается постоянным, а другие изменяются, что свидетельствует о весьма сложной регуляции уровней экспрессии отдельных транскриптов . Это оба примера класса как с дифференциальной относительной, так и с абсолютной экспрессией, который охватывает более 400 генов. Поведение этих генов чрезвычайно разнообразно, и его трудно классифицировать дальше, но при визуальном осмотре можно найти гораздо больше примеров, когда ген и некоторые из его транскриптов меняются, тогда как некоторые экспрессируемые транскрипты остаются постоянными, например, ARL2BP , RB1CC1 , HNRNPD , TBCEL , OSMR , ESR1 , ADCY1 , PMPCB , AP006222.2 , EPS8 , RAVER2 и P4HA2 .

4 Заключение

В этой статье мы представили метод обнаружения временных изменений в экспрессии генов и сплайсинга, а также паттерны экспрессии транскриптов, который успешно учитывает неопределенность, возникающую из-за количественного определения последовательности РНК в анализе.

Мы оценили эффективность нашего метода в различных экспериментах в моделировании. Наши результаты еще раз подтверждают важность репликации в геномном анализе. В наших чистых синтетических данных добавление второй реплики дает резкий импульс, но улучшения от более чем двух реплик для всего временного интервала скромны. Конечно, все может быть не так просто для реальных данных, где третья реплика может быть, по крайней мере, очень полезна для обнаружения искаженных или существенно расходящихся измерений, которые в противном случае могли бы снизить мощность.

Мы сравнили подходы, основанные на дисперсии шума, выведенной только из данных, и использовании апостериорной дисперсии из BitSeq в качестве нижней границы шума для GP.Было обнаружено, что отклонения BitSeq очень полезны в случае нереплицированных данных, а также для анализа на уровне транскриптов.

Мы также экспериментировали с вычислительным методом для моделирования дисперсии, чтобы заполнить недостающие реплики информацией, распространяемой из единственной реплицированной точки времени. Результаты показывают, что этот метод может повысить точность анализов. Однако в случае относительного выражения транскриптов все еще остаются нерешенными технические проблемы, которые могут иметь значение для производительности. Поскольку дисперсия относительных уровней экспрессии транскриптов зависит от дисперсии общих уровней экспрессии генов и абсолютных уровней экспрессии транскриптов, а также от ковариации между ними, которую мы здесь не принимали во внимание, смоделировать дисперсию непросто. для относительных уровней экспрессии транскриптов, и это потребует более мощных методов, подходящих для композиционных данных.

Применение нашего метода к анализу паттернов сплайсинга во время сигнального ответа рецептора эстрогена в клеточной линии рака молочной железы человека привело к открытию классов генов с различными видами изменений сплайсинга и экспрессии.Мы обнаружили несколько генов, для которых относительные уровни экспрессии различных транскриптов остаются примерно постоянными, тогда как общий уровень экспрессии генов изменяется и для которых относительные уровни экспрессии изменяются, по-видимому, независимо от общего уровня экспрессии, что соответствует модели независимой регуляции общего уровня экспрессии. и относительные уровни сращивания. Однако существует потенциально более интересный набор генов, в которых абсолютная экспрессия одних транскриптов остается постоянной, тогда как уровень экспрессии других изменяется.Эти примеры предполагают связь между регуляцией экспрессии генов и сплайсингом, но необходимы дальнейшие исследования с тщательным контролем, чтобы оценить, насколько распространено это явление. Тем не менее, это открытие предполагает, что альтернативные анализы сплайсинга должны сочетать анализ абсолютной и относительной экспрессии транскриптов.

Благодарности

Мы благодарим Питера Глауса за предоставленный код Python для создания файлов FASTA в моделировании чтения RNA-seq. Мы также признательны за вычислительные ресурсы, предоставленные проектом Aalto Science-IT.

Финансирование

H.T. был поддержан Фондом Альфреда Корделина, а A.H. был поддержан Академией Финляндии [259440, 251170].

Конфликт интересов : не объявлен.

Список литературы

. и другие. . (

2014

Методы анализа временных рядов данных РНК-seq применительно к дифференцировке клеток Th27 человека

Биоинформатика

30

i113

i120

(

2005

Анализ композиционных данных: где мы находимся и куда мы должны двигаться?

Math. Geol

37

829

850

(

2010

Анализ дифференциальной экспрессии для данных подсчета последовательностей

Genome Biol

11

R106

. и другие. . (

2010

Расшифровка кода сварки

Природа

465

53

59

. и другие. . (

2015

Систематический анализ транскриптома выявляет опухолеспецифические изоформы для диагностики и лечения рака яичников

Proc. Natl. Акад. Sci. США

112

E3050

E3057

. и другие. . (

2012

Профили экспрессии генов при нейродегенеративном заболевании человека

Nat.Rev. Neurol

8

518

530

(

2010

Альтернативная регуляция сплайсинга пре-мРНК при раке: пути и программы нарушены

Genes Dev

24

2343

2364

. и другие. . (

2012

Пейзаж транскрипции в клетках человека

Природа

489

101

108

и другие. . (

2003

Изометрические преобразования логарифмического отношения для анализа композиционных данных

Math. Geol

35

279

300

и другие. . (

2012

Идентификация дифференциально экспрессируемых транскриптов на основе данных RNA-seq с биологической вариацией

Биоинформатика

28

1721

1728

. и другие. . (

2015

Полногеномное моделирование кинетики транскрипции выявляет закономерности задержки продукции РНК

Proc. Natl. Акад. Sci. США

112

13115

13120

и другие. . (

2015

Сравнительное исследование стратегий анализа последовательности РНК

Краткий Биоинформ

16

932

940

(

1961

Классические оксфордские тексты по физическим наукам

Oxford University Press

Оксфорд

(

2009

Статистические выводы для экспрессии изоформы в RNA-Seq

Биоинформатика

25

1026

1032

(

2011

Простой подход к ранжированию динамики экспрессии дифференциально экспрессируемых генов с помощью регрессии по Гауссу

BMC Bioinformatics

12

180.

. и другие. . (

2015

Сравнительная оценка методов компьютерного вывода обилия изоформ транскрипта по данным RNA-seq

Genome Biol

16

150

и другие. . (

2010

Анализ и дизайн экспериментов по секвенированию РНК для определения регуляции изоформ

Nat. Методы

7

1009

1015

и другие. . (

2009

Сверхбыстрое и эффективное с точки зрения памяти выравнивание коротких последовательностей ДНК с геномом человека

Genome Biol

10

R25

(

2011

RSEM: точное количественное определение транскриптов на основе данных RNA-Seq с референсным геномом или без него

BMC Bioinformatics

12

323.

и другие. . (

2010

Оценка экспрессии гена RNA-Seq с погрешностью картирования считывания

Биоинформатика

26

493

500

(

2011

Больше, чем код сплайсинга: интеграция роли РНК, хроматина и некодирующей РНК в альтернативной регуляции сплайсинга

Curr. Мнение. Genet. Дев

21

366

372

. и другие. . (

2010

Регуляция альтернативного сплайсинга модификациями гистонов

Наука

327

996

1000

(

2006

Гауссовские процессы для машинного обучения

Пресса MIT

Кембридж, Массачусетс

и другие. . (

2010

edgeR: пакет Bioconductor для анализа дифференциальной экспрессии цифровых данных экспрессии генов

Биоинформатика

26

139

140

Консорциум SEQC / MAQC-III

2014

Комплексная оценка точности РНК-seq

Nat. Биотехнология

32

903

914

. и другие. . (

2008

Глобальный взгляд на активность генов и альтернативный сплайсинг путем глубокого секвенирования человеческого транскриптома

Наука

321

956

960

и другие. . (

2014

Определение персонального, аллель-специфичного и одномолекулярного длинночитываемого транскриптома

Proc. Natl. Акад. Sci. США

111

9869

9874

и другие. . (

2015

Тест процесса Гаусса для высокопроизводительных временных рядов секвенирования: применение к экспериментальной эволюции

Биоинформатика

31

1762

1770

.и другие. . (

2010

Сборка и количественное определение транскриптов с помощью RNA-Seq выявляет неаннотированные транскрипты и переключение изоформ во время дифференцировки клеток

Nat. Биотехнология

28

511

515

.и другие. . (

2008

Альтернативная регуляция изоформ в транскриптомах тканей человека

Природа

456

470

476

. и другие. . (

2015

Код сплайсинга человека открывает новое понимание генетических детерминант болезни

Наука

347

1254806

© Автор, 2016. Опубликовано Oxford University Press.

Терминология и технические характеристики генератора сигналов

Как объяснялось ранее, для точной генерации цифровой сигнал должен обновляться по крайней мере в два раза быстрее, чем самая высокая частота полезного аналогового сигнала. Несмотря на то, что теоретические требования к тактовой частоте дискретизации fs вдвое превышают ширину полосы сигнала f0, изображения вводятся в выходной сигнал при | f0 ± nfs |, как показано на рисунке 11. Изображения ухудшают спектральную чистоту сигнала, создавая необходимость отфильтровывать эти изображения из сигнала.

Рисунок 11

Для создания качественных сигналов большинство генераторов сигналов имеют возможность фильтровать нижние частоты генерируемого сигнала. Фильтр нижних частот используется для сглаживания сырого выходного сигнала ЦАП. Фильтр удаляет высокочастотные составляющие с наложением спектров, которые появляются в результате цифровой генерации сигнала. Фильтр нижних частот можно реализовать через аналоговые и цифровые фильтры.

Разработка аналогового фильтра, который отклоняет изображения, но при этом получает максимальную выходную полосу пропускания (от 0 до 0,43 фс), сложно и почти невозможно, и он представлен на рисунке 6 кривой Аналоговый фильтр 1. Аналоговый фильтр 2 представляет собой более практичный фильтр. Этот фильтр не так агрессивен, как аналоговый фильтр 1. Аналоговый фильтр 2 не отфильтровывает изображения вблизи fs, но отклоняет все остальные. Аналоговые фильтры имеют компромисс между спадом затухания после точки 3 дБ и равномерностью затухания до точки 3 дБ.

Рисунок 12

Третий фильтр, аналоговый фильтр 3, имеет точку на 3 дБ выше, чем первые два аналоговых фильтра. Из-за более высокой точки на 3 дБ фильтр почти ровный в полосе пропускания (от 0 до 0,43 фс). Аналоговый фильтр 3 вообще не фильтрует изображения, полученные при частоте кадров и 2 кадрах, но этот недостаток можно устранить с помощью цифрового интерполяционного фильтра.

Чтобы упростить требования к аналоговому фильтру и получить большую полосу пропускания выходного сигнала, генераторы сигналов часто используют цифровые фильтры для интерполяции данных между сохраненными данными формы сигнала.Например, при 2-кратной интерполяции ЦАП интерполирует 1 точку между каждым цифровым отсчетом. Большинство генераторов сигналов NI предлагают варианты интерполяции 2x, 4x и 8x. Чтобы сгенерировать наиболее спектрально чистые сигналы с помощью цифрового фильтра, вы должны использовать самый высокий коэффициент интерполяции, который вы можете.

Рисунок 13

На рисунке 13 используется фильтр с двукратной интерполяцией, а эффективная частота дискретизации ЦАП составляет 2 фс. Изображения на fs ± f0 больше не являются проблемой, и теперь изображения находятся на | 2fs ± f0 |.

Теперь Analog Filter 2 может легко отфильтровать все изображения благодаря цифровой генерации сигнала. Такое поведение наблюдается в представлении частотной области и во временной области.

% PDF-1.5 % 494 0 obj> endobj xref 494 224 0000000016 00000 н. 0000006256 00000 н. 0000006556 00000 н. 0000004776 00000 п. 0000006604 00000 н. 0000006732 00000 н. 0000007012 00000 н. 0000007076 00000 н. 0000007125 00000 н. 0000007190 00000 н. 0000009130 00000 н. 0000009949 00000 н. 0000115932 00000 н. 0000116546 00000 н. 0000116617 00000 н. 0000116710 00000 н. 0000116834 00000 н. 0000116929 00000 н. 0000117013 00000 п. 0000117110 00000 н. 0000117165 00000 н. 0000117260 00000 н. 0000117315 00000 н. 0000117424 00000 н. 0000117479 00000 н. 0000117612 00000 н. 0000117667 00000 н. 0000117762 00000 н. 0000117844 00000 н. 0000117934 00000 п. 0000117989 00000 н. 0000118119 00000 н. 0000118174 00000 н. 0000118269 00000 п. 0000118382 00000 н. 0000118518 00000 н. 0000118573 00000 н. 0000118651 00000 н. 0000118742 00000 н. 0000118873 00000 н. 0000118928 00000 н. 0000119048 00000 н. 0000119167 00000 н. 0000119301 00000 н. 0000119356 00000 н. 0000119460 00000 н. 0000119551 00000 н. 0000119686 00000 н. 0000119741 00000 н. 0000119843 00000 н. 0000119978 00000 н. 0000120078 00000 н. 0000120133 00000 н. 0000120270 00000 н. 0000120325 00000 н. 0000120427 00000 н. 0000120482 00000 н. 0000120624 00000 н. 0000120678 00000 н. 0000120805 00000 н. 0000120898 00000 н. 0000121028 00000 н. 0000121082 00000 н. 0000121212 00000 н. 0000121266 00000 н. 0000121357 00000 н. 0000121446 00000 н. 0000121557 00000 н. 0000121611 00000 н. 0000121709 00000 н. 0000121763 00000 н. 0000121856 00000 н. 0000121910 00000 н. 0000121964 00000 н. 0000122018 00000 н. 0000122072 00000 н. 0000122176 00000 н. 0000122230 00000 н. 0000122342 00000 п. 0000122396 00000 н. 0000122533 00000 н. 0000122587 00000 н. 0000122683 00000 н. 0000122796 00000 н. 0000122933 00000 н. 0000122987 00000 н. 0000123100 00000 н. 0000123204 00000 н. 0000123258 00000 н. 0000123366 00000 н. 0000123420 00000 н. 0000123541 00000 н. 0000123595 00000 н. 0000123690 00000 н. 0000123744 00000 н. 0000123798 00000 н. 0000123852 00000 н. 0000123906 00000 н. 0000123960 00000 н. 0000124057 00000 н. 0000124197 00000 н. 0000124251 00000 н. 0000124349 00000 н. 0000124403 00000 н. 0000124457 00000 н. 0000124511 00000 н. 0000124612 00000 н. 0000124727 00000 н. 0000124782 00000 н. 0000124904 00000 н. 0000124959 00000 н. 0000125067 00000 н. 0000125122 00000 н. 0000125251 00000 н. 0000125306 00000 н. 0000125441 00000 н. 0000125496 00000 н. 0000125551 00000 н. 0000125606 00000 н. 0000125661 00000 н. 0000125765 00000 н. 0000125820 00000 н. 0000125917 00000 н. 0000125972 00000 н. 0000126078 00000 н. 0000126133 00000 н. 0000126242 00000 н. 0000126297 00000 н. 0000126403 00000 н. 0000126458 00000 н. 0000126577 00000 н. 0000126632 00000 н. 0000126733 00000 н. 0000126788 00000 н. 0000126882 00000 н. 0000126937 00000 н. 0000127041 00000 н. 0000127096 00000 н. 0000127203 00000 н. 0000127258 00000 н. 0000127353 00000 н. 0000127408 00000 н. 0000127511 00000 н. 0000127566 00000 н. 0000127621 00000 н. 0000127676 00000 н. 0000127804 00000 н. 0000127913 00000 н. 0000127968 00000 н. 0000128101 00000 н. 0000128156 00000 н. 0000128211 00000 н. 0000128266 00000 н. 0000128392 00000 н. 0000128502 00000 н. 0000128557 00000 н. 0000128677 00000 н. 0000128732 00000 н. 0000128866 00000 н. 0000128921 00000 н. 0000129063 00000 н. 0000129118 00000 н. 0000129173 00000 н. 0000129228 00000 н. 0000129319 00000 п. 0000129374 00000 н. 0000129429 00000 н. 0000129484 00000 н. 0000129566 00000 н. 0000129650 00000 н. 0000129796 00000 н. 0000129851 00000 н. 0000129942 00000 н. 0000130034 00000 н. 0000130089 00000 н. 0000130202 00000 н. 0000130257 00000 н. 0000130362 00000 н. 0000130417 00000 п. 0000130521 00000 н. 0000130576 00000 н. 0000130701 00000 п. 0000130756 00000 п. 0000130860 00000 н. 0000130915 00000 н. 0000131034 00000 н. 0000131089 00000 н. 0000131234 00000 н. 0000131289 00000 н. 0000131405 00000 н. 0000131460 00000 н. 0000131578 00000 н. 0000131633 00000 н. 0000131752 00000 н. 0000131807 00000 н. 0000131862 00000 н. 0000131917 00000 н. 0000132070 00000 н. 0000132125 00000 н. 0000132242 00000 н. 0000132297 00000 н. 0000132352 00000 н. 0000132407 00000 н. 0000132462 00000 н. 0000132617 00000 н. 0000132672 00000 н. 0000132789 00000 н. 0000132898 00000 н. 0000132995 00000 н. 0000133050 00000 н. 0000133105 00000 н. 0000133210 00000 н. 0000133265 00000 н. 0000133383 00000 н. 0000133438 00000 п. 0000133532 00000 н. 0000133587 00000 н. 0000133685 00000 н. 0000133740 00000 н. 0000133795 00000 н. 0000133850 00000 н. 0000133905 00000 н. 0000133960 00000 н. 0000134015 00000 н. трейлер ] >> startxref 0 %% EOF 497 0 obj> поток xVkLW>] PZe; PBJ3GMJ (Mv% MK1jiҘ`IpmPŀcKj? mLYD4O 69w = 33

% PDF-1.4 % 1 0 obj > endobj 3 0 obj > endobj 5 0 obj > endobj 7 0 объект > endobj 9 0 объект > endobj 11 0 объект > endobj 13 0 объект > endobj 15 0 объект > endobj 17 0 объект > endobj 19 0 объект > endobj 21 0 объект > endobj 23 0 объект > endobj 25 0 объект > endobj 27 0 объект > endobj 29 0 объект > endobj 31 0 объект > endobj 33 0 объект > endobj 35 0 объект > endobj 37 0 объект > endobj 39 0 объект > endobj 41 0 объект > endobj 42 0 объект > endobj 43 0 объект > endobj 44 0 объект > транслировать UUID: 61DB9687129B11DCB4FB88C8B25C815Buuid: 61DB9688129B11DCB4FB88C8B25C815Buuid: 61DB9684129B11DCB4FB88C8B25C815Buuid: 61DB9683129B11DCB4FB88C8B25C815B2007-06-02T12: 59: 15 + 05: 302007-06-02T12: 59: 15 + 05: 302007-06-02T12: 59: 15 + 05: 30Adobe Photoshop CS2 Macintoshimage / epsf3Adobe RGB (1998) 12000000/100002000000 / 100002256,257,258,259,262,274,277,284,530,531,282,283,296,301,318,319,529,532,306,270,271,272,305,315,33432; 12380E5DA6C5CE8DF8CACD7082,4068,362,362,362,362,362,362,362,362,362,362,362,362,4682408345,362,40682408348,362,40682408343 37377,37378,37379,37380,37381,37382,37383,37384,37385,37386,37396,41483,41484,41486,41487,41488,41492,41493,41495,41728,41729,41730,41985,41986,41987, 41988,41989,41990,41991,41992,41993,41994,41995,41996,42016,0,2,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16, 17,18,20,22,23,24,25,26,27,28,30; 20E7E99B164F53BEC738E0E69BA23983 конечный поток endobj 45 0 объект > транслировать

MSP: аудиовход и выход

Помимо Core Audio или MME в Windows, есть несколько других способов получить аудио в и из Max / MSP. Каждый из этих методов предполагает использование того, что мы называем драйвер , который на самом деле является особым типом объекта Max. Некоторые из этих драйверов облегчить использование MSP со сторонним аудиооборудованием.Кроме того, драйвер не в реальном времени позволяет использовать MSP в качестве дисковой системы обработки и синтеза звука, удаляя предел того, сколько обработки вы можете выполнять с помощью вашего процессора в реальном времени.

Объекты аудиодрайвера MSP расположены в папке ad , расположенной в папке Циклическая папка ’74 внутри папки приложения Max. Эти объектные файлы должны находиться в этом папка с именем ad (что означает аудиодрайвер ), в противном случае MSP будет невозможно их найти.

Мы начнем с обсуждения ввода / вывода звука в MSP в целом. Позже в этом В этой главе мы обсудим аспекты конкретных аудиодрайверов, доступных вам в MSP. Сначала мы обсудим окно состояния DSP и способы его использования для получения информации о вашем аудиооборудование и задайте параметры того, как MSP обрабатывает ввод и вывод звука.

Окно состояния DSP организовано в виде группы меню и флажков, которые устанавливают все параметры аудиовхода и вывода в MSP. Поскольку все эти варианты могут быть изменено изнутри вашего патча, окно состояния DSP служит монитором для ваших текущих настроек звука.

В самом верху окна состояния DSP находится всплывающее меню для включение и выключение звука в MSP и набор всплывающих меню, которые позволяют выберите аудиодрайвер и настроить его входной источник и место назначения.

Второе всплывающее меню позволяет просмотреть и выбрать аудиодрайвер для MSP. Конкретные аудиодрайверы будут рассмотрены позже в этой главе. Краткое описание пока хватит:

• Нет: этот параметр отключает обработку звука MSP.
• Core Audio: это аудиодрайвер по умолчанию для MSP на Macintosh. Он взаимодействует со встроенной системой Core Audio и может использоваться с встроенного звука компьютера или, при соответствующей поддержке программного обеспечения, сторонний аппаратный интерфейс, например ASIO.
• MME или DirectSound: (только для Windows) в Windows, MSP по умолчанию загружает драйвер MME. Если вы правильно установили внешнее оборудование и он также поддерживает DirectSound, он также должен отображаться как опция во всплывающем окне меню.
• ad_rewire: этот драйвер поддерживает стандарт, разработанный Propellerhead. Программное обеспечение, позволяющее приложениям, генерирующим звук (ReWire Devices), отправлять несколько каналы аудио и midi в другие приложения (микшеры ReWire), которые обрабатывают и выводят Это.Выбор драйвера ad_rewire позволяет Max / MSP работать как устройство ReWire для направлять аудио из MSP в приложения, поддерживающие ReWire (например, Live, Digital Performer или Cubase). Использование MSP для размещения устройств ReWire (таких как Reason) может быть выполняется с помощью объекта rewire ~.
• ASIO: (только для Windows) Если у вас есть сторонний аудиоинтерфейс, который поддерживает ASIO (кроссплатформенный стандарт аудиооборудования, разработанный Steinberg), и установлен правильно, он будет найден драйвером MSP ASIO.У вас может быть столько же Устройства ASIO по своему усмотрению; все они будут найдены драйвером и появятся в Выпадающее меню драйвера в окне состояния DSP, перед которым стоит слово ASIO.
• ad_nonreal: этот драйвер позволяет MSP работать не в режиме реального времени, позволяя синтезировать и обрабатывать аудио без какого-либо процессора реального времени ограничения производительности. В этом драйвере отключены аудиовход и выход в реальном времени.

В любой момент времени можно выбрать только один аудиодрайвер.MSP сохраняет настройки для каждого аудиодрайвера. отдельно и вызовет последний использованный аудиодрайвер при перезапуске Max.

Следующие два всплывающих меню активны только при использовании драйвера Core Audio на Macintosh или драйверов ASIO. Когда выбран драйвер Core Audio или драйверы MME или DirectSound в Windows, всплывающие меню позволяют изменить источник аудиовхода. Эти настройки также можно изменить с помощью Audio MIDI Setup. на Macintosh или в окне свойств звуков и аудиоустройств (Пуск> Настройка> Панель управления> Звуки и аудиоустройства) в Windows, но только с этими меню во время работы MSP.

Когда используется ASIO, всплывающие меню позволяют вам установить источник синхронизации для вашего аудиооборудования и следует ли отдавать приоритет MIDI-входу и выходу над аудиовходом / выходом.

Окно состояния DSP позволяет вам контролировать размер блоков выборок (называемых векторами сигналов). который использует MSP. Вы можете управлять двумя векторными размерами.

• Размер вектора ввода / вывода (I / O означает ввод / вывод) контролирует количество выборок. которые передаются в аудиоинтерфейс и из него одновременно.
• Размер вектора сигнала устанавливает количество выборки, которые рассчитываются объектами MSP за один раз. Это может быть меньше или равный размеру вектора ввода-вывода, но не более. Если размер вектора сигнала меньше размер вектора ввода / вывода, MSP вычисляет два или более векторов сигналов последовательно для каждый вектор ввода / вывода, который необходимо вычислить.
  При размере вектора ввода-вывода 256 и частоте дискретизации 44,1 кГц MSP одновременно вычисляет около 5,8 миллисекунд аудиоданных.

Размер вектора ввода-вывода может влиять на задержку и общую производительность. Меньший векторный размер может уменьшить внутреннюю задержку между аудиовходом и аудиовыходом, поскольку MSP должен выполнять вычисления за меньший промежуток времени. С другой стороны, есть дополнительная вычислительная нагрузка каждый раз, когда MSP готовится вычислить другой вектор (следующий фрагмент audio), так что процессору в целом проще вычислить более крупный вектор.Тем не мение, у этой истории есть и другая сторона. Когда MSP вычисляет вектор звука, он делает это в так называемое прерывание. Если на вашем компьютере работает MSP, что бы вы ни выполнение (например, обработка текста) прерывается, а вектор ввода-вывода аудио рассчитывается и играется. Затем компьютер вернется к своей обычной запланированной программе. Если размер вектора достаточно велик, компьютер может немного отставать и аудиовыход может начать щелкать, потому что обработка заняла больше времени, чем ожидал компьютер.Сокращение Размер вектора ввода / вывода может решить эту проблему, а может и нет. С другой стороны, если вы попытаетесь генерировать слишком много прерываний, компьютер будет медленнее пытаться их обработать (сохранение то, что вы делаете, и начать новую задачу — тяжелая работа). Таким образом, вы обычно обнаружите, что меньшие размеры вектора ввода-вывода потребляют больший процент компьютера Ресурсы. Оптимизация производительности любой конкретной сигнальной сети, когда вы процесс, близкий к пределу возможностей вашего процессора, — это метод проб и ошибок.Поэтому MSP предоставляет вам возможность выбора размеров вектора.

Технические детали: Некоторые платы аудиоинтерфейса не позволяют выбрать размер вектора ввода / вывода. Это также некоторые драйверы ASIO, чей выбор размеров вектора ввода / вывода может не соответствовать ограничение, равное мощности 2, в настоящее время налагается поддержкой ASIO MSP. В некоторых В некоторых случаях это ограничение можно устранить, используя драйвер ASIO с другой частотой дискретизации.

Вы можете установить частоту дискретизации звука во всплывающем меню Sampling Rate .Для полнодиапазонного звука рекомендуемая частота дискретизации — 44,1 кГц. Использование более низкой скорости уменьшит количество выборок. что MSP должен рассчитать, тем самым облегчая нагрузку на ваш компьютер, но также уменьшая частотный диапазон. Если ваш компьютер борется с частотой 44,1 кГц, вам следует попробовать более низкую частоту.

Планировщик в звуковом прерывании Функция доступна, когда включен Overdrive. Это работает планировщик событий Max непосредственно перед обработкой значения вектора сигнала аудио. Включение планировщика в звуковом прерывании может значительно улучшить синхронизацию звуковых событий, которые запускается процессами управления или внешним MIDI-входом.Однако улучшение сроков может напрямую связаны с вашим выбором размера вектора ввода / вывода, поскольку он определяет интервал в какие события вне планировщика (такие как вход и выход MIDI) влияют на Макс. Когда сигнал Размер вектора равен 512, планировщик будет запускать каждые 512 выборок. При 44,1 кГц это каждые 11,61 миллисекунды, что находится только на внешних границах допустимого времени. С меньшим сигналом Размер вектора (256, 128, 64), синхронизация будет звучать «плотнее». Поскольку вы можете изменить все эти параметры параметров во время воспроизведения музыки, вы можете поэкспериментировать, чтобы найти приемлемое сочетание точности и производительность.

Если вы ничего не делаете там, где есть точная синхронизация между управлением и звуком Важно, не устанавливайте флажок Scheduler in Audio Interrupt. Вы получите немного больше общего процессора производительность для обработки сигналов

Следующая часть статуса DSP поможет вам следить за производительностью вашей системы.

В поле CPU Utilization отображается приблизительная оценка того, какая часть процессора вашего компьютера выделяется для обработки звука в MSP.

Параметр CPU Limit позволяет вам установить лимит (выраженный в процентах от вашего процессора компьютера) до того, сколько обработки сигналов может выполнять MSP. MSP не превысит установленный предел ЦП в течение длительного периода времени, позволяя вашему компьютеру выполнять другие задачи без блокировки их MSP. В компромисс, однако, заключается в том, что вы услышите щелчки в аудиовыходе, когда процессор перейдет через указанное предел. Установка этого значения на 0 или 100 отключит ограничение ЦП.

Число рядом с использованных сигналов показывает количество необходимых внутренних буферов. от MSP для подключения сигнальных объектов, используемых в текущей сигнальной сети. Количество Вызов функций дает приблизительное представление о том, сколько вычислений требуется для каждого сэмпла аудио. Оба эти поля будут обновляться всякий раз, когда вы меняете количество аудиообъектов или способ их соединения.

Векторная оптимизация применяется только к компьютерам PowerPC.Векторная оптимизация позволяет обрабатывать четыре выборки в пределах одной инструкции. Однако не все аудиосигналы алгоритмы обработки могут быть оптимизированы таким образом (например, алгоритмы рекурсивной фильтрации практически не подвержен векторной оптимизации). Сам MSP больше не использует векторную оптимизацию, но сторонние аудиообъекты по-прежнему могут ее использовать. Другими словами, если вы не используете сторонний аудиообъект с векторной поддержкой на компьютере PowerPC, этот параметр не будет иметь никакого эффекта.

Следующая часть окна состояния DSP позволяет отображать логические каналы ввода / вывода.

Чтобы назначить несколько логических каналов одному физическому каналу устройства вывода, используйте Окно отображения ввода / вывода.Нажмите кнопку I / O Mappings в нижней части DSP Status. окно.

Конфигурация показывает, что логические каналы 1, 3, 5 и 7 отображены слева. выходной канал текущего аудиоустройства, а логические каналы 2, 4, 6 и 8 были сопоставлен с правым выходным каналом текущего аудиоустройства.

Core Audio обеспечивает ввод / вывод звука для приложений Mac из как встроенное аудиооборудование компьютера, так и любое внешнее аудиооборудование, которое вы можно иметь.

Если у вас есть внешнее аудиооборудование, должны быть установлены драйверы для взаимодействия с Core. Аудио. Когда эти драйверы установлены и оборудование присутствует, Core Audio будет включить внешнее устройство в качестве выбора Core Audio в меню Driver в состоянии DSP окно.

Часть «Звук» в приложении «Системные настройки» можно использовать для настройки основного звука. настройки системы, такие как выходная громкость, баланс левого / правого и вывод звука устройства, а также входной громкости и устройства ввода звука.Вы также можете использовать аудио Приложение MIDI Setup (находится в / Applications / Utilities) для более детального управления настройки звукового ввода / вывода. Обратите внимание, что изменения, которые вы вносите в раздел «Звук» Приложение System Preferences, такое как изменение выходной громкости или баланса, отражается в настройках аудио MIDI (и наоборот). Вы можете открыть Audio MIDI Setup приложение, нажав кнопку Открыть панель управления аудио в нижнем левом углу окна состояния DSP.

В аудио-части приложения Audio MIDI Setup слева отображаются настройки входа. и Настройки вывода справа.

Системные настройки позволяют выбрать, какое аудиоустройство используется для системного звука. вход и выход, а меню Selected Audio Device позволяет управлять различные настройки для встроенных и любых внешних аппаратных аудиоустройств.

При использовании внешних аудиоустройств входная громкость и выходная громкость ползунки можно использовать для установки общей громкости входа и выхода выбранного устройства (они недоступны при использовании встроенного аудиоконтроллера). Устройство отключения звука флажки позволяют отключать устройства ввода и вывода, если применимо.

Воспроизведение доступно только на компьютерах Mac PowerPC. Воспроизвести через флажок под ползунком Входной громкости позволяет выбрать независимо от того, контролируется ли устройство ввода непосредственно на выходе. Когда включен, сухой сигнал от источника входного сигнала будет передаваться на вывод, смешанный с любым обработанным сигналом, который вы можете отправить на вывод в MSP.Отключение прохождения позволит вам контролировать, сколько (если есть) сухого сигнала от аудиовход направляется на выход.

; прохождение драйвера dsp 0

Использование аргумента 1 включит его.

Секция входа позволяет выбрать источник входного сигнала (например, линейный или микрофонный). вход для выбранного устройства), а также частоту дискретизации и битовую глубину в Current Раскрывающееся меню формата . Точно так же секция вывода также позволяет вам выбрать частота дискретизации и битовая глубина во всплывающем меню Current Format . Доступные выбор будет отличаться в зависимости от вашего аудиооборудования.

Вы можете установить уровни громкости для отдельных аудиовходов и выходных каналов, отключить звук. отдельные каналы и / или выберите их для воспроизведения с помощью элементов управления, расположенных ниже меню текущего формата. Нижняя часть окна используется для отображения текущего настройки ввода и вывода.

В Windows поддерживаются три типа драйверов звуковой карты: MME, DirectSound. и ASIO. Ваш выбор драйвера существенно повлияет на производительность и задержка, с которой вы столкнетесь с MSP.

Драйвер MME (ad_mme) по умолчанию используется для вывода системных звуков Windows, и предусмотрены практически для любой звуковой карты и встроенной аудиосистемы. Пока совместимость с вашим оборудованием почти гарантирована, низкие значения задержки вы получаете от драйвера MME делают этот вариант наименее желательным для работы с носителями в реальном времени.

Драйверы DirectSound, основанные на технологии Microsoft DirectX, стали обычное дело для большинства звуковых карт, обеспечивающее гораздо лучшую задержку и производительность чем драйверы MME. По возможности следует использовать драйвер DirectSound (ad_directsound). используется вместо драйвера MME. Иногда (и особенно в случае аудиосистемы на базе материнской платы), вы обнаружите, что драйвер DirectSound выполняет больше хуже, чем драйвер MME. Это может произойти, если DirectSound, зависящий от оборудования, драйвер недоступен, и система эмулирует DirectSound при использовании MME Водитель.В этих случаях лучше всего использовать MME напрямую или найти драйвер ASIO для вашего система.

Наилучшая производительность и минимальная задержка обычно достигаются при использовании драйверов ASIO. Стандарт ASIO, разработанный Steinberg и поддерживаемый многими медиа-ориентированными звуковые карты, оптимизированы для очень низкой задержки и высокой производительности. Как и в случае с Драйвер DirectSound, вам нужно убедиться, что производительность на самом деле лучше, чем у других опции; иногда драйвер ASIO будет простой «оберткой» вокруг MME или Драйвер DirectSound, и он будет работать хуже, чем ожидалось.

В Windows MSP по умолчанию загружает драйвер MME. MSP MME и DirectSound драйверы находятся в папке C: \ Program Files \ Common Files \ Cycling Ô74 \ ad \.

Если вы правильно установили внешнее оборудование, оно должно поддерживать воспроизведение и запись с помощью драйвера MME и драйвера Direct Sound в меню драйвера Окно состояния DSP.

Если аудиоустройство поддерживает только MME или DirectSound, ОС Windows выполняет автоматическое сопоставление одного с другим.Поскольку многие аудиоустройства изначально не поддерживали DirectSound, Microsoft эмулировала DirectSound со слоем, соединенным с DirectSound в MME. В настоящее время улучшена поддержка собственных драйверов DirectSound, а иногда, когда вы используете драйверы MME, Windows фактически запускает слой для конвертировать из MME в DirectSound.

Примечание. Некоторые устройства, такие как Digidesign mBox, поддерживают только стандарт драйвера ASIO. В таких случаях вам нужно будет выбрать соответствующий драйвер ASIO в окне состояния DSP. См. Раздел «Использование драйверов ASIO в Windows» для получения дополнительной информации.

Вы можете внести общие изменения в основные операции вашего аудиодрайвера по умолчанию, доступ к окну свойств звука и аудиоустройств (Пуск> Настройки > Панель управления> Звуки и аудиоустройства). Здесь вы можете выбрать Аудио устройств и создайте настройки баланса и выходной громкости.

MSP поддерживает использование различных устройств ввода и вывода с MME и DirectSound. драйверы.Используйте окно состояния DSP для выбора устройств ввода и вывода.

При использовании драйверов MME или Directsound вы можете выбрать устройства ввода и вывода из раскрывающиеся меню в окне состояния DSP, которые будут автоматически заполнены с драйверами для вашего аудиооборудования. При использовании драйверов MME и Directsound, можно одновременно использовать разные аудиоустройства для ввода и вывода. Однако это не рекомендуется и не поддерживается, и если нет каких-либо внешних (от Max / MSP) для синхронизации отключения устройств, скорее всего, произойдет со временем.

Драйверы MME и Directsound включают настройки приоритета потока и задержки. По умолчанию для них установлены настройки, которые, как мы надеемся, будут работать на вашем компьютере в большинство ситуаций. Однако вы можете обнаружить, что при работе с патч, что у вас есть проблемы, которые вы можете решить, изменив некоторые из эти настройки. Если ваш звук трескается или в нем есть сбои, вы можете попробовать увеличение настройки задержки. Это имеет недостаток в том, что звук становится менее заметным. реагирует в реальном времени, но это даст аудиодрайверу больше времени для работы над дополнительными аудио требования, которые вы предъявили к нему.

Если ваша система работает медленно в других областях, таких как перерисовка экрана или общее время точность — вы можете уменьшить приоритет потока аудиодрайвера. Этот предоставит другим вашим задачам больше возможностей для выполнения, но может также привести к тому, что вам потребуется увеличить задержку, чтобы дать вашему звуковому драйверу возможность дышать на новом уровне приоритет.

Время между максимальным планировщиком и MSP лучше всего, когда размер вектора ввода / вывода находится на порядка 1 мс. Мы рекомендуем установить размер вектора ввода-вывода на 128 отсчетов.Иметь настройка задержки отдельно от размера вектора ввода / вывода позволяет этому работать без звука глюки на большинстве железа.

Драйвер ad_rewire позволяет использовать MSP в качестве устройства ReWire, где звук MSP будет быть направленным в приложение ReWire Mixer, такое как Cubase. И Max / MSP, и микшер приложение должно быть запущено одновременно, чтобы воспользоваться преимуществами ReWire Сервисы. Приложение микшера также должно быть совместимо с ReWire 2 или более поздней версии для наилучшего полученные результаты.

Когда выбран драйвер ad_rewire, звук от MSP может быть перенаправлен на любой из 16 меж- каналы приложения ReWire, которые будут отображаться как входы в хосте микшера ReWire Приложения. При первом выборе ad_rewire он зарегистрируется в ReWire. система. Последующие запуски приложений ReWire Mixer будут предлагать Max / MSP в качестве Устройство ReWire.

Например, после регистрации устройства Max / MSP ReWire в Cubase будет Пункт меню Max / MSP в меню Devices.Когда вы выберете его, вы увидите список аудиовыходы от Max / MSP. По умолчанию они выключены. Щелкните любой из кнопки, чтобы активировать этот канал. Как только канал будет активирован, он появится в Микшер треков Cubase.

Поддержка ad_rewire MIDI больше интегрирована в систему Max MIDI — Max MIDI-порты созданы, чтобы вы могли использовать стандартные объекты Max MIDI для отправки и получения MIDI через драйвер ad_rewire. После того, как вы выберете драйвер ad_rewire в статусе DSP Окно MIDI-порты появятся в окне настройки MIDI при следующем его открытии. Количество MIDI-портов, выделенных для ReWire, можно изменить с помощью MIDI-портов. в окне состояния DSP.

Когда вы создаете автономное приложение с помощью Max / MSP, вы можете использовать ad_rewire драйвер в автономном режиме, и он создаст устройство ReWire, которое работает независимо Max / MSP и других автономных приложений, созданных Max / MSP.По умолчанию ReWire Device примет имя вашего приложения и будет иметь 16 каналов. Ты можно настроить это, отредактировав файл msprewire. config в папке support / ad для вашего автономного. Примечание. Этот файл не существует, пока не будет создан файл по умолчанию. при запуске автономной системы и выборе ad_rewire в окне состояния DSP.

Файл msprewire.config находится в папке с объявлениями в следующих местах:

Macintosh: Библиотека / Поддержка приложений / Велоспорт №74 / ad /

Windows: c: \ Program Files \ Common Files \ Cycling ’74 \ ad \

В автономной версии, созданной с помощью Max / MSP, она находится в папке support / ad / автономной версии.Файл msprewire.config содержит две строки, в которых указывается имя, которое ReWire будет использовать для устройства, и количество аудиоканалы. Вы можете отредактировать это, чтобы изменить поведение Max / MSP или автономного.

Выбор драйвера ASIO в окне состояния DSP позволяет MSP напрямую разговаривать с аудио интерфейс. Для использования звуковых карт ASIO ваше устройство должно быть правильно установлено и подключено; Драйвер MSP ASIO найдет его при запуске.

Все правильно установленные ASIO устройства должны быть доступны для выбора в DSP. Окно состояния.Однако MSP не проверяет, исправно ли соответствующее оборудование аудиоинтерфейса. установлен правильно в вашей системе, пока вы явно не переключитесь на драйвер ASIO для этого интерфейсная карта. Если драйвер ASIO не загружается при попытке его использования, появится сообщение об ошибке. появляются в окне Max (обычно это ошибка инициализации с кодом –1000) и меню в остальной части окна состояния DSP исчезнут. Переход на MME и / или Драйвер DirectSound повторно включит звук MSP.

Всплывающее меню Clock Source позволяет вам установить источник синхронизации для вашего аудиооборудования.Немного Драйверы ASIO не поддерживают внешние часы; в этом случае будет только один вариант в меню, как правило, с пометкой «Внутренний».

Всплывающее меню Prioritize MIDI позволяет вам установить источник синхронизации для вашего аудиооборудования и следует ли отдавать приоритет MIDI-входу и выходу над аудиовходом / выходом.

Многие драйверы ASIO имеют другие настройки, которые вы можете редактировать в отдельном окне. Нажмите кнопку Open ASIO Control. Кнопка панели в нижней части окна состояния DSP для доступа к этим настройкам.Если ваша интерфейсная карта имеет панель управления в своем драйвере ASIO, документация по интерфейсу должна описывать его работу.

Версия 2 спецификации ASIO позволяет осуществлять прямой мониторинг входов аудиоинтерфейса. Другими словами, вы можете подключать аудиовходы к интерфейсу напрямую к аудиовыходам без необходимости сигналы проходят через ваш компьютер. У вас также есть контроль над настройками каналов, громкостью и панорамированием.

int Обязательно. Число, указывающее номер входного канала (начиная с 1)

int Необязательно. Число, указывающее номер выходного канала, или 0 для включения маршрутизация для указанного входного канала отключена. То же самое происходит, если второй аргумент нет.

int или float Необязательно. Число, определяющее усиление входа -> выходное соединение, между 0 и 4. 1 представляет собой единичное усиление (и является значением по умолчанию).

int или float Необязательно. Число, определяющее панорамирование вывода канал. -1 слева, 0 по центру и 1 справа. 0 по умолчанию.

Вот несколько примеров сообщения монитора:

; dsp driver monitor 1 1 связывает вход 1 с выходом 1 с единичным усилением с центральным панорамированием.

; dsp driver monitor 1 0 Отключает вход 1

; монитор драйвера dsp 1 4 2. -1. патчи от входа 1 к выходу 4 с усилением 6 дБ, сдвинутым влево

Примечание. При использовании этих сообщений слово «драйвер» необязательно, но рекомендуется.Не все драйверы ASIO поддерживают эту функцию. Если вы отправляете сообщение монитора и получаете сообщение об ошибке результата ASIO -998 в окне Max, значит драйвер его не поддерживает.

Еще одна особенность ASIO 2 — это возможность запускать, останавливать и читать сообщения временного кода. Для запуска таймкода читая, отправьте следующее сообщение:

; тайм-код драйвера dsp 1

Чтобы остановить чтение тайм-кода, отправьте следующее сообщение:

; тайм-код драйвера dsp 0

Драйвер MSP ad_nonreal позволяет использовать MSP для синтеза и обработки сигналов, не беспокоясь об ограничениях, налагаемых скоростью процессора вашего компьютера. Режим не в реальном времени просто вычисляет выборок в MSP независимо от приоритета физического планирования, что позволяет обрабатывать вектор аудио с использованием пути прохождения сигнала, который может потребовать от вашего компьютера вычислений более одного вектора в реальном времени.

Типичный путь прохождения сигнала не в реальном времени в MSP будет выглядеть примерно так:

См. Также

парусная зарплата через gate quora