Проверить ву по базе: На сайте ГАИ теперь можно проверить подлинность прав водителя — Российская газета

Содержание

На сайте ГАИ теперь можно проверить подлинность прав водителя — Российская газета

Новый интерактивный сервис для граждан запустили в ГИБДД. Теперь любой человек, зайдя на сайт, может проверить подлинность водительского удостоверения. Это особенно актуально для работодателей, которые нанимают водителей. Пришел человек устраиваться на работу водителем автобуса или маршрутки. Права есть, стаж — тоже. Вроде можно и нанимать. Но проверить не мешает. Забьет он данные на гаишном сервисе и получит ответ: права выданы тогда-то, действуют до такой-то даты. Открыты категории такие-то. Но система может выдать и следующий ответ: такового водительского удостоверения нет. И тогда уже работодателю сильно стоит призадуматься, а принимать ли такого водителя на работу?

Однако полезна и актуальна эта информация и для простых водителей. Произошла авария, повреждения небольшие, поэтому водители решили разъехаться без привлечения ГИБДД. То есть оформить европротокол, например. В уведомление о ДТП, которое предоставляется в страховую компанию, необходимо вписать данные водителя. Туда же вносятся данные водительского удостоверения. И тут пострадавший может выйти в Интернет и проверить данные виновника с помощью этого сервиса. И если сервис покажет, что таких прав нет, то ни о каком оформлении на месте не может быть и речи. Получить страховку просто будет невозможно.

Напомним, что не столь давно «Российская газета» рассказывала о случае, когда водителя лишили прав за то, что кто-то ездил по украденному у него водительскому удостоверению. Главный герой публикации давно уже получил новые права взамен похищенных. Но гаишники соседнего региона, остановившие нетрезвого водителя, даже не проверили, не находятся ли права в розыске. Если бы тогда этот сервис работал, то проблем у героя публикации было бы меньше. Ведь он смог бы без проблем доказать, что за пьянку остановили того, кто управлял автомобилем по правам, которые находятся в розыске.

Что и говорить, сервис может оказаться очень полезным. И он не первый на сайте Главного управления по обеспечению безопасности дорожного движения МВД России. Уже довольно давно на нем успешно работает такая услуга, как прием обращений граждан. Через эту ссылку уже принято более 150 тысяч обращений в Госавтоинспекцию только с начала этого года. Также пользуется популярностью сервис по проверке транспортных средств, на который поступает более 10 тысяч запросов в сутки. А сервис по проверке наличия неуплаченных штрафов побил все рекорды: он обрабатывает свыше 100 тысяч запросов в сутки.

Да, надо рассказать, каким образом можно проверить водительское удостоверение. Для этого необходимо на сайте www.gibdd.ru перейти в раздел «Онлайн-сервисы ГИБДД», выбрать сервис по проверке водительских удостоверений и ввести серию и номер документа, а также дату его выдачи. И ждать результата. Проверка прав автора этого материала подтвердила их подлинность, дату его рождения, сроки выдачи и окончания действия, а также категории. А также то, что он не лишен прав и его документ не находится в розыске.

Кстати, сегодня сотрудники ГИБДД отмечают 78-летие службы. Она была создана 3 июля 1936 года. А новый сервис на сайте — это своеобразный подарок автомобилистам от этой службы. Причем можно предсказать, что сегодня он будет работать плохо из-за вала обращений . Ведь проверить свои права захочется многим. И не забудьте поздравить остановившего вас инспектора с праздником.

Как проверить права по базе ГИБДД по фамилии, имени или дате рождения

Проверка ВУ на сегодняшний день считается довольно востребованной процедурой. Многие автомобилисты перепроверяют свои же права, но наиболее часто это необходимо в тех ситуациях, когда, к примеру, человека принимают на работу в качестве водителя. Некоторые люди идут на подлог документации, в частности тогда, когда имело место лишение прав. По этой причине вопрос про то, как осуществляется эта процедура, и можно ли проверить права по базе ГИБДД по фамилии, остается для большинства людей достаточно серьёзным.

Для чего это нужно

Проверка может пригодиться и в иных случаях. Могут появиться вопросы касательно уплаты по страховке, если автомобилист, что, к примеру, ударил ваше авто, раньше был лишен прав.

Помимо всего прочего, ВУ зачастую хотят предоставить в виде подтверждения личности, или же оставляют его в залог. В таких ситуациях также хочется точно знать, что бумаги настоящие и действительные.

Проверка по фамилии онлайн

Если вы попадете на главный сервис ГИБДД России по адресу https://www.gibdd.ru/check/driver/#, то сможете посмотреть, что для проведения процедуры нужно знать серию и номер водительских прав, дату выдачи. То есть в интернете проверить водительское удостоверение по базе ГИБДД по фамилии онлайн нельзя.

Конечно, в сети могут найтись ресурсы, что обещают отыскать и перепроверить документацию лишь по фамилии, но в действительности совершить это практически нереально, поэтому достоверность предоставленной информации не гарантирована.

Проверка в ГИБДД

Естественно, при помощи ГИБДД этот вопрос вполне решаем. Но вам придется предъявить работникам органов основания для проверки. Но одной лишь фамилии будет недостаточно, так как людей с одной и той же фамилией достаточно много, и это очевидно. Если же предоставить область и дату рождения, область, где выдавались права, то номер водительского удостоверения по фамилии отыскать удастся. По официальному обоснованному запросу вы заполучите ответ в течение тридцати суток.

В описанных выше ситуациях, когда проверка ВУ является необходимостью, вы сможете посмотреть эту бумагу. Если же вам нужно использовать не саму бумагу, а выписку, то необходимо внести в нее номер, серию и время выдачи удостоверения.

По таким сведениям вы узнаете на сервисе ГИБДД почти все требуемые данные. Если же в ответ поступит уведомление о том, что ничего не найдено, то документ поддельный, недействительный или предоставлено новое ВУ.

Если все нормально, вы узнаете дату рождения собственника, период выдачи, категории и срок действия. А вот фамилия названа не будет.

Если же собственник документа лишен права на управление автотранспортом, то это будет указано в ответе. Еще вы узнаете место рождения, время лишения, и период, на какой человек был лишен документов.

ГИБДД (ГАИ) Челябинска и Челябинской области.

ГИБДД Челябинска и Челябинской области исполняет свои функции согласно нормативно-правовой базы Российской Федерации. На период 2018–2024 годы сформирована «Стратегия безопасности дорожного движения в Российской Федерации» и утверждена Распоряжением Правительства Российской Федерации №1-р от 8 января 2018 года (далее Стратегия работы ГИБДД). ГИБДД Челябинска, так же как и другие территориальные подразделения ГИБДД РФ, выполняют свою работу руководствуясь данной Стратегией.

Работа Госавтоинспекции (ГАИ) регламентируется Указом Президента России № 711 от 15 июня 1998 года «О дополнительных мерах по обеспечению безопасности дорожного движения».

Стратегия безопасности дорожного движения реализует поручения Президента Российской Федерации. По итогам заседания президиума Госсовета было предложена основа государственной политики по повышению безопасности дорожного движения до 2024 года.

Основная цель Стратегии — повышение безопасности дорожного движения, снижения количества жертв и пострадавших в дорожно-транспортных происшествиях. Стратегия создаёт основу системной работы по повышению безопасности дорожного движения. С 2018 по 2020 годы проводится работа по исполнению федеральной целевой программы. С 2021 по 2024 годы предполагается реализация комплекса мер, оказывающих непосредственное воздействие на безопасность дорожного движения.

Основными задачами Госавтоинспекции являются обеспечение соблюдения предприятиями и организациями всех форм собственности, гражданами нормативных правовых актов в области безопасности дорожного движения, а также сохранение жизни и здоровья граждан на улицах и автодорогах страны. Важной составляющей данной работы Госавтоинспекция считает активную пропаганду безопасности дорожного движения, особенно среди детей и молодёжи.

В целях повышения профессиональных качеств личного состава, организовано повышение квалификации сотрудников ГИБДД на базе Тюменского института повышения квалификации сотрудников МВД Российской Федерации.

Основными направлениями работы ГИБДД по реализации Стратегии являются:

  1. Изменение поведения участников дорожного движения к твёрдому соблюдению правил дорожного движения;
  2. Повышение защищенности детей от дорожно-транспортных происшествий;
  3. Улучшение улично-дорожной сети по условиям безопасности дорожного движения;
  4. Совершенствование правовых механизмов допуска транспортных средств к участию в дорожном движении;
  5. Мореднизирование системы управления безопасностью дорожного движения;
  6. Развитие системы помощи и спасения пострадавших в ДТП.

Официальный сайт ГИБДД Челябинска и Челябинской области

Официальный сайт Госавтоинспекции РФ: ГИБДД.РФ. На официальном сайте ГИБДД Челябинска представлены онлайн сервисы по проверке наличия и оплаты штрафов участниками дорожного движения, проверки истории транспортного средства по VIN номеру.

На 2024 год устанавливается целевой ориентир показателя социального риска в пределах не более 4 погибших на 100 тыс. жителей. В результате осуществления всех заложенных в планы мероприятий по повышению безопасности на догорах страны, к 2030 году должен быть достигнут показатель нулевой смертности от ДТП.

Принятие Стратегии и ее реализация совместно с Федеральной целевой программой «Повышение безопасности дорожного движения в 2013-2020 годах» позволит сохранить существующую тенденцию к сокращению дорожно-транспортного травматизма.

Повышение безопасности дорожного движения является приоритетным направлением государственной политики и важным фактором устойчивого демографического развития страны.

Коэффициент бонус-малус (КБМ) 2021

Коэффициент бонус-малус (КБМ) — коэффициент страховых тарифов в зависимости от наличия или отсутствия страхового возмещения, осуществленного страховщиками в предшествующий период, с 1 апреля предыдущего года до 31 марта включительно следующего за ним года при осуществлении обязательного страхования гражданской ответственности владельца транспортного средства.

При заключении договора ОСАГО страховая компания обязана использовать сведения о предыдущих периодах страхования, содержащиеся в автоматизированной информационной системе Российского союза автостраховщиков (АИС РСА).

Таблица значений КБМ

Коэффициент КБМ на период КБМ

Коэффициент КБМ

0 страховых возмещений за период КБМ 1 страховое возмещение за период КБМ 2 страховых возмещения за период КБМ 3 страховых возмещения за период КБМ Более 3 страховых возмещений за период КБМ
1 2,45 2,3 2,45 2,45 2,45 2,45
2 2,3 1,55 2,45 2,45 2,45 2,45
3 1,55 1,4 2,45 2,45 2,45 2,45
4 1,4 1 1,55 2,45 2,45 2,45
5 1 0,95 1,55 2,45 2,45 2,45
6 0,95
0,9
1,4 1,55 2,45 2,45
7 0,9 0,85 1 1,55 2,45 2,45
8 0,85 0,8 0,95 1,4 2,45 2,45
9 0,8 0,75 0,95 1,4 2,45 2,45
10 0,75 0,7 0,9 1,4 2,45 2,45
11 0,7 0,65 0,9 1,4 1,55 2,45
12 0,65 0,6 0,85 1 1,55 2,45
13 0,6 0,55 0,85 1 1,55 2,45
14 0,55 0,5 0,85 1 1,55 2,45
15 0,5 0,5 0,8 1 1,55 2,45

Вопросы и ответы про КБМ

От чего зависит КБМ?

Коэффициент бонус-малус (КБМ) определяется для каждого водителя транспортного средства индивидуально и влияет на стоимость договора ОСАГО. Для договоров обязательного страхования, не предусматривающих ограничение числа лиц, допущенных к управлению транспортным средством, владельцем которого является физическое лицо, страховой тариф рассчитывается с применением коэффициента КБМ, равного 1.

Значение КБМ сохраняется вне зависимости от смены страховой компании. Порядок определения и применения КБМ описан в разделе «Порядок определения КБМ».

Как проверить текущее значение КБМ на сайте РСА?

Проверить текущее значение КБМ самостоятельно в автоматизированной информационной системе Российского союза автостраховщиков (АИС РСА) можно на сайте: перейти на сайт РСА.

Как проверить текущее значение КБМ на нашем сайте?

Проверка осуществляется в автоматизированной информационной системе Российского Союза Автостраховщиков (АИС ОСАГО) в течение 10 календарных дней. Ответ будет направлен на указанный Вами адрес электронной почты.

1 Этап «Проверка КБМ в РСА»

  1. Зайдите в личный кабинет
  2. Внесите полис в личный кабинет
  3. Нажмите на кнопку «КБМ»
  4. Заполните форму и нажмите «Проверить»
  5. Ваш запрос на проверку КБМ будет направлен в РСА С 1 декабря 2015 года действует упрощенный порядок рассмотрения обращений граждан при их несогласии со значением КБМ, примененным по действующему или вновь заключаемому договору. При получении соответствующего заявления клиента страховая организация осуществляет проверку значения коэффициента КБМ в автоматизированной информационной системе Российского Союза Автостраховщиков (АИС ОСАГО), созданной в соответствии с требованиями Федерального закона «Об ОСАГО». Проверка осуществляется в течение 10 календарных дней. Если проверка дает значение КБМ, отличное от примененного по договору, страховщик осуществляет перерасчет страховой премии по действующему договору и применяет новое значение КБМ в договорах, которые будут заключены позднее.

2 Этап «Проверка КБМ нашими специалистами»

  1. Если в ответ Вам поступит ссылка, значит, по указанным данным РСА не смог осуществить автоматическую проверку
  2. Перейдите по ссылке в письме и прикрепите сканы документов
  3. Опишите Вашу ситуацию. Укажите в отношении каких транспортных средств Вы заключали договоры ОСАГО в компании Росгосстрах (государственный регистрационный знак, идентификационный номер), когда меняли водительское удостоверение (если у Вас нет скана, можно узнать данные в карточке водителя) или меняли фамилию
  4. В течение 30 дней мы направим ответ на указанный адрес электронной почты
  5. Если КБМ повлиял на стоимость полиса, приложите копию паспорта и реквизиты страхователя. Мы вернем Вам переплаченную часть страховой премии
Замена водительского удостоверения (ВУ) и/или фамилии, имени и/или документа, удостоверяющего личность

Если вы поменяли водительское удостоверение и/или фамилию, имя и/или документ, удостоверяющий личность, необходимо внести изменения в действующий договор ОСАГО как можно скорее. Это необходимо для внесения корректных сведений в автоматизированную информационную систему Российского союза автостраховщиков (АИС ОСАГО) и присвоения правильного КБМ в будущем.

В соответствии с пунктом 8 ст.15 Федерального закона 40-ФЗ П: «В период действия договора ОСАГО страхователь обязан незамедлительно сообщать Страховщику в письменной форме об изменении сведений, указанных в заявлении о заключении договора страхования». В случае одновременного действия нескольких договоров ОСАГО, необходимо вносить изменения в каждый из этих договоров ОСАГО.

Написать заявление на внесение изменений можно в любом офисе ПАО СК «Росгосстрах». Внести изменения в электронный полис ОСАГО можно через Личный кабинет клиента.

Порядок определения КБМ

С 1 апреля 2019 года КБМ рассчитывается один раз в год — 1 апреля и применяется в течение всего периода (с 1 апреля по 31 марта) для заключения любого договора.

Коэффициент КБМ водителя, являющегося владельцем транспортного средства — физическим лицом, или лицом, допущенным к управлению транспортным средством, владельцем которого является физическое или юридическое лицо, включая случаи, когда договор обязательного страхования не предусматривает ограничения количества лиц, допущенных к управлению транспортным средством (далее — КБМ водителя), в отношении которого в АИС ОСАГО содержатся сведения о договорах обязательного страхования, определяется на основании значения коэффициента КБМ, который был определен водителю на период КБМ, и количества страховых возмещений по всем договорам обязательного страхования, осуществленных страховщиками в отношении данного водителя и зарегистрированных в АИС ОСАГО в течение периода КБМ.

Полис с ограниченным списком водителей

Общий порядок

По договору обязательного страхования, предусматривающему ограничение количества лиц, допущенных к управлению транспортным средством, КБМ определяется на основании сведений в отношении каждого водителя. КБМ присваивается каждому водителю, допущенному к управлению транспортным средством, указанным в договоре. При расчете страховой премии применяется наибольшее значение коэффициента КБМ. При отсутствии сведений о страховой истории водителю присваивается КБМ = 1.

  • Страхователь, который является вписанным Водителем №1 с КБМ равным 0,9, вписал в полис ОСАГО водителя №2 с КБМ равным 1,4, т. к. по его вине была выплата страхового возмещения договору, окончившемуся не более года назад. Соответственно, размер страховой премии будет определяться по водителю №2, и размер премии будет увеличен в связи с меньшим коэффициентом водителя №2.
  • Водитель №1 и водитель №2 имеют одинаковый КБМ 0,8. Страхователь вписал в полис ОСАГО водителя №2. Соответственно, факт добавления в полис второго водителя на КБМ по договору не повлияет, и страховая премия останется неизменной.

Если водитель ранее не был вписан в полис ОСАГО (например, только получил водительское удостоверение)

При отсутствии сведений в АИС РСА по указанным в договоре водителям им присваивается КБМ = 1.

  • Водитель №1 получил права и через два дня купил транспортное средство. При оформлении договора ОСАГО такому водителю присваивается КБМ = 1.
Полис без ограничений

Для договоров обязательного страхования, не предусматривающих ограничение числа лиц, допущенных к управлению транспортным средством, владельцем которого является физическое лицо, страховой тариф рассчитывается с применением коэффициента КБМ, равного 1.

Если предыдущий договор был досрочно расторгнут

При заключении нового договора ОСАГО, КБМ будет равным КБМ, который был определен на 1 апреля текущего года.

Если произошло ДТП

Если в результате ДТП вы являлись пострадавшей стороной, то выплата по данному ДТП никак не отразится на вашем классе аварийности (КБМ). Если вы стали виновником ДТП, то КБМ будет снижен только у того водителя, который был виновником ДТП.

Перерыв в страховании 1 год и более

Согласно Указанию ЦБ №5000-у в части КБМ с 1 апреля 2019 года значение коэффициента не зависит от перерывов в страховании. Это означает, что с 1 апреля 2019 гражданин получает единый КБМ, который в дальнейшем применяется к нему во всех договорах ОСАГО и из-за перерыва не «аннулируется» (т.е. не превращается в 1).

МВД проверит водительские права мигрантов через базы других государств

Фото: ИТАР-ТАСС

МВД снова выставило на общественное обсуждение проект постановления правительства «О допуске к управлению транспортными средствами», рассказал M24.ru источник в ведомстве. Это вспомогательный акт к закону «О безопасности дорожного движения» и КоАП РФ, согласно которым с 5 ноября иностранцы, не получившие российских прав, не смогут работать здесь водителями. Документ определяет порядок обмена водительских удостоверений. В нем также говорится о том, что МВД разработает административный регламент, согласно которому правоохранительные органы будут проверять водительские права иностранцев через базы других государств «в случае сомнения в подлинности предъявляемого документа, выявления признаков подделки». Сверку хотят проводить «по имеющимся каталогам образцов водительских удостоверений». «Государства – участники Конвенции о дорожном движении 1968 года и других международных договоров информируют друг друга об изменениях образцов водительских удостоверений», — говорится в пояснительной записке к проекту, имеющейся в распоряжении M24.ru.

Для государств, с которыми у России есть договоры о взаимном признании водительских удостоверений, эта проверка может проходить в электронном виде. В таких случаях обмен прав будет проходить без сдачи экзамена.

Общественное обсуждение проекта планируется вести до 3 октября, после этого документ будет направлен в Белый дом. Документ уже выставлялся на общественное обсуждение в августе, но был отправлен на доработку. Замглавы ГИБДД России Владимир Кузин подтвердил M24.ru, что правительство РФ документ пока не видело. Между тем МВД рассчитывает, что принять постановление и порядок сдачи мигрантами теоретического экзамена успеют до ноября. «Пока переносить сроки вступления в силу нормы не планируется», — сказал он.

Между тем перевозчики и автошколы переживают, что иностранные водители не успеют поменять права к вступлению в силу нового закона. Напомним, чтобы получить заветную корочку, мигранты должны будут сдать теоретический экзамен. «Мы знаем, что билеты для иностранцев будут отличаться от тех, которые дают людям, впервые получающим права. Но они пока не разработаны, поэтому специальных программ для мигрантов у нас нет, — рассказала M24.ru директор автошколы «Дилижанс» Елена Корнеева. – Как только нам дадут билеты – сразу же сделаем курсы для иностранцев примерно из 10 занятий, чтобы объяснить им тонкости российского законодательства».

Владелец транспортной компании «Транс-вей» Владислав Толстухин отметил, что 80 его водителей-иностранцев пока находятся в подвешенном состоянии. «Если процесс затянется, мы через профильные ассоциации будем просить правительство перенести сроки», — сказал он. Напомним, та же проблема возникла и у «Мосгортранса», где работает более 1,2 тысячи водителей с иностранными правами.

Лидер Движения автомобилистов России Виктор Похмелкин заявил, что проверка иностранных водительских удостоверений – долгий процесс даже в условиях взаимных соглашений между странами. По его словам, Россия присоединилась к Конвенции о дорожном движении 1968 года. «Наша страна признает права десятков других государств. Однако в случае допуска к профессиональной сфере, очевидно, будут действовать отдельные соглашения», — подчеркнул Похмелкин.
По его словам, упростить процедуру обмена прав логично для стран Таможенного союза – Белоруссии и Казахстана.

Похмелкин отметил, однако, что нелегальные мигранты будут, как и раньше, ездить без российских прав, так как поменять удостоверения смогут только иностранцы, законно находящиеся на территории страны. Согласно проекту постановления, водителям придется представить временную регистрацию, разрешение на работу или патент.

Тем временем, первый замруководителя комитета Госдумы по конституционному законодательству и госстроительству Вячеслав Лысаков заявил, что перепроверять иностранцев, в любом случае, нужно. «Нельзя, чтобы по российским дорогам ездили люди, чья квалификация не подтверждена», — считает он.

Что касается дополнительной проверки удостоверений на предмет выявления «фальшивок», депутат полагает, что затраты не будут стоить результата. «У водителя могут быть официально выданные права, купленные за взятку. В каждой стране есть база водительских удостоверений, и теоретически получить выписку из нее можно, но это не гарантия квалификации приезжего», — подчеркнул Лысаков.

Исполнительный директор Ассоциации автошкол Елена Зайцева полагает, что сдача теоретического экзамена будет иметь положительный эффект на качество работы водителей-иностранцев. «Подготовка к тестам позволит мигрантам еще и подучить русский язык», — сказала она. При этом, по мнению эксперта, отдельный экзамен нужен всем водителям-профессионалам, а не только иностранцам. Зайцева напомнила, что в советское время существовали любительские и профессиональные права, она полагает, что систему необходимо вернуть.

Маргарита Верховская

Проверить КБМ по базе РСА

После проверки КБМ водителя или собственника, вы можете распечатать данные, чтобы приложить их при покупке ОСАГО

Если по результатам проверки вам кажется, что размер скидки должен быть больше, попробуйте восстановить свой КБМ.

На КБМ влияет количество лет безаварийного вождения и наличие ДТП. Данные о КБМ хранятся в РСА.

Дорогое ОСАГО? Восстанови КБМ сейчас

и перестань уже переплачивать страховщикам!

Сервис отправит заявку в РСА. Срок восстановления КБМ: от 12 часов. Узнать подробнее

КБМ полиса ОСАГО связан с возмещением страховых выплат по вине клиента

Для кого доступна проверка КБМ

КБМ влияет на стоимость полиса ОСАГО для физических и юридических лиц. Размер КБМ связан с конкретным лицом, вписанным в договор, и не меняется в течение года.

Данные о КБМ выдаются из базы РСА (Российский Союз Автостраховщиков).

Зачем водителю проверять КБМ

Стоимость ОСАГО для водителя может неожиданно измениться из-за КБМ, что вызовет у ряд вопросов.

За каждый год вождения без ДТП страхователь получает 5% скидку на договор ОСАГО. Максимальный размер скидки 50% (КБМ=0,5). И наоборот, если страхователь получал возмещение по ОСАГО, то КБМ повышается и стоимость ОСАГО увеличивается.

Чтобы изменение цены на ОСАГО не стало сюрпризом, стоит периодически проверять размер КБМ.

Проверить КБМ самостоятельно по таблице

Проверить скидку по ОСАГО можно воспользовавшись таблицей, приведенной ниже. Однако, безошибочно рассчитать КБМ сможет далеко не каждый водитель. На сегодняшний день все страхователи могут бесплатно проверить КБМ онлайн.

Класс ТС на начало срока страхованияКБМКласс на следующий год в зависимости от количества ДТП
01234
М2,450ММММ
02,31ММММ
11,552ММММ
21,431МММ
3141МММ
40,95521ММ
50,9631ММ
60,85742ММ
70,8842ММ
80,75952ММ
90,710521М
100,6511631М
110,612631М
120,5513631М
130,513731М
Таблица расчета КБМ ОСАГО

Как проверить скидку по ОСАГО онлайн

Проверить КБМ по базе РСА можно на нашем сайте. Заявка на проверку скидки по ОСАГО оформляется за считанные секунды. От вас потребуется:

  • Заполнить поле ФИО;
  • Указать дату рождения;
  • Вписать серию и номер водительского удостоверения;
  • Дать согласие на обработку персональных данных.

Проверить КБМ онлайн может каждый страхователь. Данные берутся из актуальной базы РСА.

Если размер коэффициента бонус-малус покажется неправильным, вы всегда можете оформить заявку на восстановление КБМ

Чей КБМ можно проверить?

КБМ водителя

У каждого водителя свой КБМ по его страховой истории

КБМ собственника

В полисе без ограничений КБМ считается по КБМ собственника

Как проверить КБМ водителя?

Укажите в форме ФИО, дату рождения и номер водительского удостоверения

Что нужно для проверки КБМ собственника

ФИО, дата рождения, номер паспорта собственника. Для запросов до 01.04.2019 еще нужен VIN

Что нужно для проверки КБМ юридического лица

Нужен только ИНН. Для запросов до 01.04.2019 еще нужен VIN

Продлевай ОСАГО по лучшей цене!

Хао Ву | Факультет | О нас | Перельмана Медицинский факультет

Лаборатория Ву заинтересована в понимании того, как эпигенетические процессы в многоклеточных организмах регулируют экспрессию генов, чтобы устанавливать различные типы клеток и реагировать на изменение сигналов окружающей среды или метаболических состояний. Мы комбинируем экспериментальные подходы (биохимические, молекулярные, генетические и геномные анализы) с биоинформатикой для изучения спецификации и созревания клеточного типа из стволовых клеток млекопитающих (например,грамм. сердечно-сосудистые и нервные линии). Мы также начинаем изучать молекулярные механизмы, регулирующие взаимодействие между окружающей средой и эпигеномом, и то, как внешние сигналы окружающей среды регулируют процессы развития или патологии человека посредством изменения эпигенетических меток в геноме. Наша долгосрочная цель — количественный анализ и конструирование эпигеномов, специфичных для клеточного типа или окружающей среды. В конечном итоге мы надеемся использовать знания, полученные в результате анализа и инженерии эпигенома, для разработки терапевтических подходов к лечению соответствующих заболеваний человека.Эпигеномика, метилирование и деметилирование ДНК, контроль транскрипции, анализ отдельных клеток, биология стволовых клеток, спецификация и созревание нервных и сердечных клонов, взаимодействие между окружающей средой и эпигеномом Метилирование цитозина ДНК (5-метилцитозин) является эволюционно законсервированной эпигенетической меткой и оказывает глубокое влияние на транскрипция, развитие и стабильность генома. Исторически 5-метилцитозин (5mC) считается высокостабильной химической модификацией, которая в основном необходима для долговременной эпигенетической памяти.Недавнее открытие, что десять-одиннадцать белков транслокации (TET) могут итеративно окислять 5mC в геноме млекопитающих, представляет собой сдвиг парадигмы в нашем понимании того, как 5mC может быть ферментативно обращен вспять. Это также повышает вероятность того, что три окисленных основания 5mC, генерируемые TET, могут действовать как новый класс эпигенетических модификаций.

Интересно, что ключевые эпигенетические ферменты, такие как семейство TET деоксигената ДНК и гистоновая деметилаза, содержащая JmjC-домен, напрямую используют кислород и некоторые основные метаболиты в качестве своих кофакторов для модификации эпигенетических меток на ДНК или гистоне, подтверждая идею о том, что клетки в многоклеточных организмах могут быстро адаптироваться к изменениям окружающей среды или метаболических состояний, динамически изменяя свои эпигеномы и программы экспрессии генов.

Наша лаборатория использует высокопроизводительные технологии секвенирования, биоинформатику, генетические модели млекопитающих, а также инструменты синтетической биологии для исследования механизмов, с помощью которых белки, которые записывают, считывают и стирают ДНК и модификации гистонов, способствуют развитию млекопитающих и соответствующим заболеваниям человека. Для достижения этой цели мы также заинтересованы в разработке новых методов секвенирования генома и программируемых методов модификации эпигенома для точного картирования и манипулирования этими модификациями ДНК в сложном геноме млекопитающих.

Пэн Ху, Ph.D. (Научный сотрудник)
Эмили Фабьяник (аспирант, фармакология)
Алекс Вэй (аспирант, нейробиология)
Ци Цю, доктор философии (Постдокторант)
Дженнифер Флорной (специалист по исследованиям) Сянцзинь Кан, доктор философии. (Приглашенный научный сотрудник, 2017-2018)
Эбигейл Бирн (специалист по исследованиям, 2017-2018)
Вэньчао Цянь (летний стажер-исследователь, Университет Цинхуа, 2016) 1. Разработка высокоточных методов эпигеномного профилирования отдельных клеток для исследования роли окисленных метилцитозинов в нервном развитии, нейродегенерации и взаимодействиях окружающая среда / нейральный эпигеном.
2. Разработка новых инструментов редактирования эпигенома для анализа регуляторных функций генов эпигенетических модификаций ДНК в геномах млекопитающих.
3. Разработка методов массово-параллельного секвенирования одноклеточной РНК с временным разрешением для изучения динамики РНК (биогенез, процессинг и распад), быстро реагирующей регуляторной сети ТФ и временной траектории состояния клетки (метаболическая РНК-метка на основе скорости РНК) при однократном измерении. клеточные уровни.
4. Применение одноядерного многоатомного подхода (напр.грамм. sNucDrop-seq, snATAC-seq и метилом одноклеточной ДНК), чтобы охарактеризовать точный состав клеточного типа и гетерогенность функционального состояния при направленной дифференцировке плюрипотентных стволовых клеток человека в направлении сердечных клонов, а также во время развития, созревания и старения сердца in vivo.

Проекты ротации: Пожалуйста, свяжитесь с Хао для получения более подробной информации.

Избранные публикации

Югонг Хо *, #, Пэн Ху *, Майкл Т. Пил, Сиксинг Чен, Пабло Г. Камара, Дуглас Дж.Эпштейн, Хао Ву # и Стивен А. Либхабер (#, сопоставляются) : Одноклеточный транскриптомный анализ гипофиза взрослых мышей выявляет половой диморфизм и индуцированную физиологическими потребностями клеточную пластичность . Protein & Cell 11: 565–583, март 2020 г. Qiu Q *, Hu P *, Qiu X, Govek KW, Camara PG, Wu H : Массивно параллельное секвенирование РНК с временным разрешением в отдельных клетках с помощью scNT-Seq Nature Methods 17 (10): 991-1001, октябрь 2020 г. Эмили Щуцки, Джейми ДеНизио, Пэн Ху, Моника Юн Лю, Кристофер Набель, Эмили Фабьяник, Янг Хван, Фредерик Бушман, Хао Ву #, Рахул Кохли # (#, сопоставляются) : Неразрушающее секвенирование с базовым разрешением 5-гидроксиметилцитозин с использованием ДНК-дезаминазы . Nature Biotechnology 36: 1083–1090, октябрь 2018 г. Peng Hu *, Jian Liu *, Juanjuan Zhao *, Benjamin Wilkins, Katherine Lupino, Hao Wu #, Liming Pei # (#, сопоставляется) : Одноядерный транскриптомный обзор клеточного разнообразия и функционального созревания в постнатальном периоде Сердца млекопитающих .Гены и развитие 32 (19-20): 1344-1357, октябрь 2018 г. Peng Hu *, Emily Fabyanic *, Deborah Y. Kwon, Sheng Tang, Zhaolan Zhou, Hao Wu : Разделение состава клеточного типа и зависимого от активности транскрипционного состояния в мозге млекопитающих с помощью массивно параллельных одноядерных последовательностей РНК . Molecular Cell 68 (5): 1006-1015, декабрь 2017 г. Хао Ву, И Чжан : Диаграмма окисленных метилцитозинов при базовом разрешении . Nature Structural & Molecular Biology 22 (9): 656-661, сентябрь 2015 г. Hao Wu, Xiaoji Wu, Yi Zhang : Профилирование активного деметилирования ДНК с базовым разрешением с использованием MAB-seq и caMAB-seq . Nature Protocol 11 (6): 1081-1100, июнь 2016 г. Хао Ву, И Чжан : Обратное метилирование ДНК: механизмы, геномика и биологические функции. Cell 156 (1-2): 45-68, январь 2014 г. Hao Wu *, #, Xiaoji Wu *, Li Shen, Yi Zhang # (#, сопоставляется) : Одноосновное разрешение анализа активного деметилирования ДНК с использованием бисульфитного секвенирования с помощью метилазы .Nature Biotechnology 32 (12): 1231-1240, декабрь 2014 г. Soh Boon-Seng, Wu Hao, Chien Kenneth R : Сердечная регенеративная медицина 2.0. Природная биотехнология 31 (3): 209-11, март 2013 г. Шен Ли *, Ву Хао *, #, Дьеп Динь, Ямагути Шинпей, Д’Алессио Ана С., Фунг Хо-Лим, Чжан Кун, Чжан И # (#, сопоставляется) : Анализ генома показывает TET — и TDG-зависимая динамика окисления 5-метилцитозина. Cell 153 (3): 692-706, апрель 2013 г. Сюй Хуаншэн, Йи Би Александр, Ву Хао, Бок Кристоф, Гу Хункан, Луи Кэти О, Пак Джу-Хе Си, Шао Ин, Райли Алисса К., Домиан Ибрагим Дж, Ху Эрдинг, Виллетт Роберт, Лепор Джон, Мейснер Александр, Wang Zhong, Chien Kenneth R : Высокоэффективное получение кардиомиоцитов желудочков из индуцированных плюрипотентных стволовых клеток с отчетливой эпигенетической сигнатурой. Cell research 22 (1): 142-54, январь 2012 г. Wu Hao, Zhang Yi : Ранние эмбрионы перепрограммируют метилирование ДНК в два этапа. Клеточные стволовые клетки 10 (5): 487-9, май 2012 г. Тао Цзифан *, Ву Хао *, Линь Цюань, Вэй Вэйчжэн, Лу Сяо-Хонг, Кантл Джеффри П., Ао Ян, Олсен Ричард В., Ян Х Уильям, Моди Иштван, Софронью Майкл V, Сунь Йи E : Удаление астроглиальный Дайсер вызывает неавтономную клеточную дисфункцию и дегенерацию нейронов. Журнал неврологии: официальный журнал Общества нейробиологии 31 (22): 8306-19, июнь 2011 г. Wu Hao, Zhang Yi : Механизмы и функции опосредованного Tet-белком окисления 5-метилцитозина. Гены и развитие 25 (23): 2436-52, декабрь 2011 г. Ву Хао, Д’Алессио Ана К., Ито Синсукэ, Ся Кай, Ван Чжибин, Цуй Кайронг, Чжао Кеджи, Сунь И Ив, Чжан И : Двойные функции Tet1 в регуляции транскрипции в эмбриональных стволовых клетках мыши. Nature 473 (7347): 389-93, май 2011 г. Wu Hao, D’Alessio Ana C, Ito Shinsuke, Wang Zhibin, Cui Kairong, Zhao Keji, Sun Yi Eve, Zhang Yi : Полногеномный анализ распределения 5-гидроксиметилцитозина показывает его двойную функцию в регуляции транскрипции у эмбрионов мышей. стволовые клетки. Гены и развитие 25 (7): 679-84, апрель 2011 г. Wu Hao #, Tao Jifang, Chen Pauline J, Shahab Atif, Ge Weihong, Hart Ronald P, Ruan Xiaoan, Ruan Yijun, Sun Yi E # (#, сопоставляется) : Анализ генома показывает наличие метил-CpG -связывающий белок 2-зависимая регуляция микроРНК на мышиной модели синдрома Ретта. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 107 (42): 18161-6, Oct 2010. Wu Hao #, Coskun Volkan, Tao Jifang, Xie Wei, Ge Weihong, Yoshikawa Kazuaki, Li En, Zhang Yi, Sun Yi Eve # (#, сопоставляется) : Dnmt3a-зависимое непромоторное метилирование ДНК способствует транскрипции нейрогенных гены. Science (Нью-Йорк, Нью-Йорк) 329 (5990): 444-8, июль 2010 г. Wu Hao, Xu Jun, Pang Zhiping P, Ge Weihong, Kim Kevin J, Blanchi Bruno, Chen Caifu, Südhof Thomas C, Sun Yi E : Интегративный геномный и функциональный анализ выявляет смещение дифференцировки подтипов нейронов в линиях эмбриональных стволовых клеток человека . Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 104 (34): 13821-6, Aug 2007. наверх
Последнее обновление: 25.11.2020
Попечители Пенсильванского университета

О происхождении и продолжающейся эволюции SARS-CoV-2 | Национальный научный обзор

Аннотация

Эпидемия SARS-CoV-2 началась в конце декабря 2019 года в Ухане, Китай, и с тех пор затронула значительную часть Китая и вызвала серьезную озабоченность в мире.Здесь мы исследовали степень молекулярной дивергенции между SARS-CoV-2 и другими родственными коронавирусами. Хотя мы обнаружили только 4% вариабельности в геномных нуклеотидах между SARS-CoV-2 и коронавирусом, связанным с SARS летучих мышей (SARSr-CoV; RaTG13), разница в нейтральных сайтах составила 17%, что позволяет предположить, что расхождение между двумя вирусами намного больше. чем предполагалось ранее. Наши результаты предполагают, что развитие новых вариаций в функциональных сайтах в рецептор-связывающем домене (RBD) шипа, наблюдаемого в SARS-CoV-2 и вирусах SARSr-CoV панголинов, вероятно, вызвано естественным отбором, помимо рекомбинации.Популяционный генетический анализ 103 геномов SARS-CoV-2 показал, что эти вирусы имеют две основные линии (обозначенные L и S), которые четко определяются двумя разными SNP, которые показывают почти полное сцепление между вирусными штаммами, секвенированными на сегодняшний день. Мы обнаружили, что линия L была более распространена, чем линия S, в ограниченных выборках пациентов, которые мы исследовали. Значение этих эволюционных изменений в этиологии болезни остается неясным. Эти результаты убедительно подчеркивают острую необходимость в дальнейших комплексных исследованиях, сочетающих данные вирусного генома с эпидемиологическими исследованиями коронавирусной болезни 2019 года (COVID-19).

ВВЕДЕНИЕ

SARS-CoV-2 был обнаружен в конце декабря 2019 года в Ухане, столице провинции Хубэй в Центральном Китае. С тех пор он быстро распространился по Китаю и другим странам, что вызвало серьезную озабоченность во всем мире. Этот новый коронавирус, SARS-CoV-2, был назван из-за сходства его структуры с коронавирусами, связанными с тяжелым острым респираторным синдромом. По состоянию на 28 февраля 2020 года в Китае подтверждено 78 959 случаев заражения SARS-CoV-2, при этом 2791 человек умер.Вызывает беспокойство более 3664 подтвержденных случаев заболевания за пределами Китая в 46 странах и регионах (https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/situation-reports/), что создает серьезные проблемы для успешное сдерживание. Кроме того, геномные последовательности вирусов SARS-CoV-2, выделенные от ряда пациентов, имеют идентичность последовательностей выше 99,9%, что указывает на недавний перенос хозяина в человека [1–3].

Коронавирусы естественным образом являются хозяевами и эволюционно формируются летучими мышами [4,5].Действительно, было высказано предположение, что большинство коронавирусов у людей происходит из резервуара летучих мышей [6,7]. Несколько групп недавно подтвердили генетическое сходство между SARS-CoV-2 и бета-коронавирусом летучих мышей подрода Sarbecovirus [8–13]. Полногеномная последовательность нового вируса имеет 96,2% сходства с последовательностью связанного с SARS коронавируса летучих мышей (SARSr-CoV; RaTG13), собранной в провинции Юньнань, Китай [2,14], но имеет низкое сходство с последовательностью SARS- CoV (около 79%) или MERS-CoV (около 50%) [1,15].Также было подтверждено, что SARS-CoV-2 использует тот же рецептор, ангиотензинпревращающий фермент II (ACE2), что и SARS-CoV [2]. Хотя конкретный путь передачи от естественных резервуаров к человеку остается неясным [5,13], несколько исследований показали, что панголины могли обеспечить частичный ген spike для SARS-CoV-2; критические функциональные сайты в спайковом белке SARS-CoV-2 почти идентичны тем, которые идентифицированы в вирусе, выделенном от панголина [16–18].

Несмотря на эти недавние открытия, несколько фундаментальных вопросов, связанных с эволюционными моделями и движущими силами этой вспышки SARS-CoV-2, еще предстоит полностью охарактеризовать [19–21].Здесь мы исследовали степень молекулярной дивергенции между SARS-CoV-2 и другими родственными коронавирусами и провели популяционно-генетический анализ 103 секвенированных геномов SARS-CoV-2. Эта работа позволяет по-новому взглянуть на эволюцию SARS-CoV-2 и характер его распространения среди населения.

РЕЗУЛЬТАТЫ

Молекулярная филогения и расхождение между SARS-CoV-2 и родственными коронавирусами

Для каждой аннотированной ORF в эталонном геноме SARS-CoV-2 (NC_045512) мы извлекли ортологичные последовательности SARS-CoV человека, четырех коронавирусов, связанных с SARS летучих мышей (SARSr-CoV: RaTG13, ZXC21, ZC45 и BM48- 31), один SARSr-CoV панголина из Гуандуна (GD) и шесть геномов SARSr-CoV панголина из Гуанси (GX) [18] (Таблица S1).Мы выровняли кодирующие последовательности (CDS) на основе выравнивания белков (см. Материалы и методы). Было обнаружено, что большинство ORF, аннотированных из SARS-CoV-2, консервативны в других вирусах, за исключением ORF8 и ORF10 (Таблица 1). Белковая последовательность SARS-CoV-2 ORF8 имеет очень низкое сходство с этими последовательностями в SARS-CoV и BM48-31, а ORF10 имеет преждевременный стоп-кодон как в SARS-CoV, так и в BM48-31 (рис. S1. ). Делеция одного основания вызвала мутацию со сдвигом рамки считывания в ORF10 ZXC21 (рис.S1).

Таблица 1.

Молекулярное расхождение между SARS-CoV-2 и родственными вирусами.

ORF6 1,512 (0,26) orf1a orf1ab
Ген . Выровненная длина (нт) . RaTG13 . GD Pangolin-CoV . GX Панголин-КоВ . SARSr-CoV ZC45 . SARS-CoV . SARSr-CoV BM48–31 .
Геномное среднее 28734 0,008 / 0,17 (0,044) 0,025 / 0,469 (0,053) 0,055 / 0,722 (0,076) 0,044 / 0,549 (0,081) ) 0,143 / 1,15 (0,124)
ORF10 114 0,011 / 0 (NA) 0,011 / 0 (NA) 0,072 / 0,044 (1,637) 0,011 / 0 ( )
ORF3a 825 0.009 / 0,157 (0,06) 0,025 / 0,287 (0,086) 0,066 / 0,518 (0,128) 0,052 / 0,508 (0,102) 0,188 / 0,918 (0,205) 0,271 / 0,923 (0,294)
183 0 / 0,098 (0) 0,014 / 0,217 (0,063) 0,038 / 0,491 (0,077) 0,027 / 0,173 (0,158) 0,191 / 0,913 (0,209)
ORF7a 363 0.011 / 0,177 (0,061) 0,018 / 0,275 (0,066) 0,073 / 0,477 (0,153) 0,066 / 0,351 (0,188) 0,088 / 0,697 (0,126) 0,337 / 1,14 (0,296)
ORF7b 129 0,01 / 0 (NA) 0,02 / 0,455 (0,043) 0,17 / 0,436 (0,39) 0,029 / 0,181 (0,162) 0,155 / 0,401 (0,387) NA (NA)
ORF8 363 0.021 / 0,07 (0,303) 0,032 / 0,303 (0,105) 0,099 / 1,015 (0,098) 0,03 / 0,603 (0,05)
E 0,018 (0) 0 / 0,037 (0) 0,006 / 0,096 (0,063) 0 / 0,056 (0) 0,027 / 0,166 (0,164) 0,043 / 0,352 (0,121)
M 666 0,004 / 0,186 (0,021) 0.014 / 0,298 (0,046) 0,025 / 0,372 (0,067) 0,016 / 0,283 (0,055) 0,07 / 0,576 (0,121) 0,109 / 1,292 (0,085)
N 12161 0,005 / 0,131 (0,039) 0,012 / 0,149 (0,08) 0,04 / 0,304 (0,132) 0,036 / 0,333 (0,108) 0,059 / 0,381 (0,155) 0,102 / 1,197 (0,085)
13215 0.009 / 0,167 (0,054) 0,024 / 0,475 (0,052) 0,073 / 0,811 (0,09) 0,026 / 0,405 (0,063) 0,148 / 1,141 (0,129) 0,174 / 1,199 (0,145)
21288 0,007 / 0,152 (0,044) 0,018 / 0,487 (0,037) 0,055 / 0,776 (0,071) 0,031 / 0,527 (0,058) 0,105 / 0,962 / 0,109 1,108 (0,113)
S ( шип ) 3819 0.014 / 0,321 (0,043) 0,076 / 0,7 (0,11) 0,06 / 0,86 (0,07) 0,138 / 1,063 (0,13) 0,172 / 1,265 (0,136) 0,217 / 1,518 (0,143)
0,098) 3 (0,11)
Ген . Выровненная длина (нт) . RaTG13 . GD Pangolin-CoV . GX Панголин-КоВ . SARSr-CoV ZC45 . SARS-CoV . SARSr-CoV BM48–31 .
Геномное среднее 28734 0,008 / 0,17 (0,044) 0,025 / 0,469 (0,053) 0,055 / 0,722 (0,076) 0,044 / 0,549 (0,081) ) 0,143 / 1,15 (0,124)
ORF10 114 0,011 / 0 (NA) 0,011 / 0 (NA) 0,072 / 0,044 (1,637) 0.011/0 (NA)
ORF3a 825 0,009 / 0,157 (0,06) 0,025 / 0,287 (0,086) 0,066 / 0,51618 (0,128) 0,066 / 0,51618 (0,128) 0,052 0,508 (0,102) 0,188 / 0,918 (0,205) 0,271 / 0,923 (0,294)
ORF6 183 0 / 0,098 (0) 0,014 / 0,21617 (0,063) 0,014 / 0,21617 (0,063) 0,491 (0,077) 0,027 / 0,173 (0,158) 0.191 / 0,913 (0,209) 0,393 / 1,512 (0,26)
ORF7a 363 0,011 / 0,177 (0,061) 0,018 / 0,275 (0,066) 16 0,073 / 0,477 0,066 / 0,351 (0,188) 0,088 / 0,697 (0,126) 0,337 / 1,14 (0,296)
ORF7b 129 0,01 / 0 (NA) 0,02 / 0,455 (0,043) 0,17 / 0,436 (0,39) 0,029 / 0,181 (0.162) 0,155 / 0,401 (0,387) 0,264 / NA (NA)
ORF8 363 0,021 / 0,07 (0,303) 0,032 / 0,303 (0,10165) 0,03 / 0,603 (0,05)
E 225 0 / 0,018 (0) 0 / 0,037 (0) 0,063 / 0,096 0 / 0,056 (0) 0,027 / 0,166 (0,164) 0.043 / 0,352 (0,121)
M 666 0,004 / 0,186 (0,021) 0,014 / 0,298 (0,046) 0,025 / 0,372 (0,067) 0,016 / 0,21683 (0,055) 0,07 / 0,576 (0,121) 0,109 / 1,292 (0,085)
N 1257 0,005 / 0,131 (0,039) 0,012 / 0,149 (0,08) 0,04 / 0,302 (0,1321) 0,04 / 0,302 (0,132) 0,036 / 0,333 (0,108) 0,059 / 0.381 (0,155) 0,102 / 1,197 (0,085)
orf1a 13215 0,009 / 0,167 (0,054) 0,024 / 0,475 (0,052) 0,073 / 0,816 / 0,09 0,405 (0,063) 0,148 / 1,141 (0,129) 0,174 / 1,199 (0,145)
orf1ab 21288 0,007 / 0,152 (0,044) 0,0371 0,037 / 0,0162 0,776 (0,071) 0.031 / 0,527 (0,058) 0,105 / 0,962 (0,109) 0,125 / 1,108 (0,113)
S ( шип ) 3819 0,014 / 0,321 0,06 / 0,86 (0,07) 0,138 / 1,063 (0,13) 0,172 / 1,265 (0,136) 0,217 / 1,518 (0,143)
Таблица 1.

Молекулярное расхождение между SARS-CoV -2 и родственные вирусы.

0,07 (0,303) 0,096 (0,063)
Ген . Выровненная длина (нт) . RaTG13 . GD Pangolin-CoV . GX Панголин-КоВ . SARSr-CoV ZC45 . SARS-CoV . SARSr-CoV BM48–31 .
Геномное среднее 28734 0,008 / 0,17 (0,044) 0,025 / 0,469 (0,053) 0,055 / 0,722 (0.076) 0,044 / 0,549 (0,081) 0,113 / 0,926 (0,122) 0,143 / 1,15 (0,124)
ORF10 114 0,011 / 0 (NA) 0,011 / 0 (NA) 0,0 NA) 0,072 / 0,044 (1,637) 0,011 / 0 (NA)
ORF3a 825 0,009 / 0,157 (0,06) 0,025 0,066 / 0,518 (0,128) 0.052 / 0,508 (0,102) 0,188 / 0,918 (0,205) 0,271 / 0,923 (0,294)
ORF6 183 0 / 0,098 (0) 0,014 / 0,2172 0,014 / 0,2172 0,038 / 0,491 (0,077) 0,027 / 0,173 (0,158) 0,191 / 0,913 (0,209) 0,393 / 1,512 (0,26)
ORF7a 16 0,011 / 0,1 0,018 / 0,275 (0,066) 0,073 / 0.477 (0,153) 0,066 / 0,351 (0,188) 0,088 / 0,697 (0,126) 0,337 / 1,14 (0,296)
ORF7b 129 0,01 / 016 (NA) 0,01 9016 0,455 (0,043) 0,17 / 0,436 (0,39) 0,029 / 0,181 (0,162) 0,155 / 0,401 (0,387) 0,264 / NA (NA)
ORF8 163 0,032 / 0,303 (0,105) 0.099 / 1,015 (0,098) 0,03 / 0,603 (0,05)
E 225 0 / 0,018 (0) 0 / 0,037 (0) 0 / 0,056 (0) 0,027 / 0,166 (0,164) 0,043 / 0,352 (0,121)
M 666 0,004 / 0,186 (0,021) 0,014 / 0,298 (0,046) 0,025 / 0,372 (0,067) 0.016 / 0,283 (0,055) 0,07 / 0,576 (0,121) 0,109 / 1,292 (0,085)
N 1257 0,005 / 0,131 (0,039) 0,012 / 0,11649 (0,08) 0,04 / 0,304 (0,132) 0,036 / 0,333 (0,108) 0,059 / 0,381 (0,155) 0,102 / 1,197 (0,085)
orf1a 13215 0,09 0,09 / 0,1 0,024 / 0,475 (0,052) 0.073 / 0,811 (0,09) 0,026 / 0,405 (0,063) 0,148 / 1,141 (0,129) 0,174 / 1,199 (0,145)
orf1ab 21288 0,0441 0,0441 0,0441 0,018 / 0,487 (0,037) 0,055 / 0,776 (0,071) 0,031 / 0,527 (0,058) 0,105 / 0,962 (0,109) 0,125 / 1,108 (0,113)
S шип 3819 0,014 / 0,321 (0.043) 0,076 / 0,7 (0,11) 0,06 / 0,86 (0,07) 0,138 / 1,063 (0,13) 0,172 / 1,265 (0,136) 0,217 / 1,518 (0,143)
Ген . 0,098) 3 (0,11)
Выровненная длина (нт) . RaTG13 . GD Pangolin-CoV . GX Панголин-КоВ . SARSr-CoV ZC45 . SARS-CoV . SARSr-CoV BM48–31 .
Геномное среднее 28734 0,008 / 0,17 (0,044) 0,025 / 0,469 (0,053) 0,055 / 0,722 (0,076) 0,044 / 0,549 (0,081) ) 0,143 / 1,15 (0,124)
ORF10 114 0,011 / 0 (NA) 0,011 / 0 (NA) 0,072 / 0,044 (1,637) 0.011/0 (NA)
ORF3a 825 0,009 / 0,157 (0,06) 0,025 / 0,287 (0,086) 0,066 / 0,51618 (0,128) 0,066 / 0,51618 (0,128) 0,052 0,508 (0,102) 0,188 / 0,918 (0,205) 0,271 / 0,923 (0,294)
ORF6 183 0 / 0,098 (0) 0,014 / 0,21617 (0,063) 0,014 / 0,21617 (0,063) 0,491 (0,077) 0,027 / 0,173 (0,158) 0.191 / 0,913 (0,209) 0,393 / 1,512 (0,26)
ORF7a 363 0,011 / 0,177 (0,061) 0,018 / 0,275 (0,066) 16 0,073 / 0,477 0,066 / 0,351 (0,188) 0,088 / 0,697 (0,126) 0,337 / 1,14 (0,296)
ORF7b 129 0,01 / 0 (NA) 0,02 / 0,455 (0,043) 0,17 / 0,436 (0,39) 0,029 / 0,181 (0.162) 0,155 / 0,401 (0,387) 0,264 / NA (NA)
ORF8 363 0,021 / 0,07 (0,303) 0,032 / 0,303 (0,10165) 0,03 / 0,603 (0,05)
E 225 0 / 0,018 (0) 0 / 0,037 (0) 0,063 / 0,096 0 / 0,056 (0) 0,027 / 0,166 (0,164) 0.043 / 0,352 (0,121)
M 666 0,004 / 0,186 (0,021) 0,014 / 0,298 (0,046) 0,025 / 0,372 (0,067) 0,016 / 0,21683 (0,055) 0,07 / 0,576 (0,121) 0,109 / 1,292 (0,085)
N 1257 0,005 / 0,131 (0,039) 0,012 / 0,149 (0,08) 0,04 / 0,302 (0,1321) 0,04 / 0,302 (0,132) 0,036 / 0,333 (0,108) 0,059 / 0.381 (0,155) 0,102 / 1,197 (0,085)
orf1a 13215 0,009 / 0,167 (0,054) 0,024 / 0,475 (0,052) 0,073 / 0,816 / 0,09 0,405 (0,063) 0,148 / 1,141 (0,129) 0,174 / 1,199 (0,145)
orf1ab 21288 0,007 / 0,152 (0,044) 0,0371 0,037 / 0,0162 0,776 (0,071) 0.031 / 0,527 (0,058) 0,105 / 0,962 (0,109) 0,125 / 1,108 (0,113)
S ( шип ) 3819 0,014 / 0,321 0,06 / 0,86 (0,07) 0,138 / 1,063 (0,13) 0,172 / 1,265 (0,136) 0,217 / 1,518 (0,143)

Чтобы исследовать филогенетические отношения между этими вирусами в В геномной шкале мы объединили кодирующие области (CDS) девяти консервативных ORF ( orf1ab, E, M, N, S, ORF3a, ORF6, ORF7a, и ORF7b ) и реконструировали филогенетическое дерево с использованием синонимичных сайтов (рис. .1А). Мы также использовали CODEML в PAML [22] для определения предковой последовательности каждого узла и вычислили значения dN (несинонимичные замены на несинонимичный сайт), dS (синонимичные замены на синонимичный сайт) и dN / dS (ω) для каждой ветви. (Рис. 1А). Параллельно мы также рассчитали попарные значения dN, dS и ω между SARS-CoV-2 и другим вирусом (таблица 1).

Рис. 1.

Молекулярная дивергенция и давление отбора во время эволюции SARS-CoV-2 и родственных вирусов.(A) Филогенетическое дерево SARS-CoV-2 и родственных коронавирусов. Приведена длина ветви (dS), а в скобках указано значение dN / dS (ω). Филогенетическое дерево было реконструировано с использованием синонимичных сайтов в сцепленных CDS девяти консервативных ORF ( orf1ab, E, M, N, S, ORF3a, ORF6, ORF7a и ORF7b ). (B) Сохранение 6 критических аминокислотных остатков в белке шипа (S). Критическими активными центрами являются Y442, L472, N479, D480, T487 и Y491 в SARS-CoV, и они соответствуют L455, F486, Q493, S494, N501 и Y505 в SARS-CoV-2 (отмечены перевернутыми треугольниками). , соответственно.(C) Три кандидатных положительно выбранных сайта (отмечены перевернутыми треугольниками) в рецептор-связывающем домене (RBD) белка-шипа (S: 439 N, S: 483 V и S: 493Q) и окружающих 10 аминокислотах.

Рис. 1.

Молекулярная дивергенция и давление отбора во время эволюции SARS-CoV-2 и родственных вирусов. (A) Филогенетическое дерево SARS-CoV-2 и родственных коронавирусов. Приведена длина ветви (dS), а в скобках указано значение dN / dS (ω). Филогенетическое дерево было реконструировано с использованием синонимичных сайтов в сцепленных CDS девяти консервативных ORF ( orf1ab, E, M, N, S, ORF3a, ORF6, ORF7a и ORF7b ).(B) Сохранение 6 критических аминокислотных остатков в белке шипа (S). Критическими активными центрами являются Y442, L472, N479, D480, T487 и Y491 в SARS-CoV, и они соответствуют L455, F486, Q493, S494, N501 и Y505 в SARS-CoV-2 (отмечены перевернутыми треугольниками). , соответственно. (C) Три кандидатных положительно выбранных сайта (отмечены перевернутыми треугольниками) в рецептор-связывающем домене (RBD) белка-шипа (S: 439 N, S: 483 V и S: 493Q) и окружающих 10 аминокислотах.

Филогенетическое древо всего генома показало, что SARS-CoV-2 был наиболее близок к RaTG13, за ним следует GD Pangolin SARSr-CoV, затем GX Pangolin SARSr-CoV, затем ZC45 и ZXC21, затем SARS-CoV человека и наконец, BM48-31 (рис.1А). Примечательно, что мы обнаружили, что расхождение нуклеотидов в синонимичных сайтах между SARS-CoV-2 и другими вирусами было намного выше, чем предполагалось ранее. Например, хотя общие геномные нуклеотиды различаются примерно на 4% между SARS-CoV-2 и RaTG13, средний геномный dS составил 0,17, что означает расхождение в нейтральных сайтах между этими двумя вирусами 17% (Таблица 1). Обратите внимание, что несинонимичные сайты обычно подвергаются более сильному отрицательному отбору, чем синонимичные сайты, и вычисление различий в последовательностях без разделения этих двух классов сайтов может недооценить степень молекулярной дивергенции в несколько раз.

Мы обнаружили, что значение dS значительно варьировалось в зависимости от генов SARS-CoV-2 и других проанализированных вирусов. В частности, ген spike ( S ) постоянно демонстрировал более высокие значения dS, чем другие гены (Таблица 1). Эта закономерность стала ясной, когда мы вычислили значение dS для каждой ветви на фиг. 1A для гена spike по сравнению с конкатенированными последовательностями остальных генов (фиг. S2). В каждой ветви dS шипа было в 2,29 ± 1,45 (среднее ± стандартное отклонение) раза больше, чем у других генов.Это чрезвычайно повышенное значение dS spike может быть вызвано либо высокой скоростью мутаций, либо естественным отбором, который способствует синонимичным заменам. Синонимичные замены могут служить еще одним слоем генетической регуляции, определяя эффективность трансляции мРНК путем изменения использования кодонов [23]. Если положительный отбор является движущей силой для более высокой частоты синонимичных подстанций, наблюдаемой в спайке , мы ожидаем, что частота оптимальных кодонов (FOP) спайка будет отличаться от частоты других генов.Однако наш анализ систематической ошибки использования кодонов (таблица S2) предполагает, что FOP спайка был лишь немного выше, чем средний геномный показатель (0,717 против 0,698, см. Материалы и методы). Таким образом, мы полагаем, что повышенная скорость синонимичных замен, измеренная в spike , с большей вероятностью вызвана более высокой частотой мутаций; однако лежащий в основе молекулярный механизм остается неясным.

И SARS-CoV, и SARS-CoV-2 связываются с ACE2 через RBD шипового белка, чтобы инициировать слияние мембран и проникнуть в клетки человека [1,2,24–28].Пять из шести критических аминокислотных остатков (AA) в RBD различались между SARS-CoV-2 и SARS-CoV (рис. 1B), а трехмерный структурный анализ показал, что пик SARS-CoV-2 был выше. сродство связывания с ACE2, чем с SARS-CoV [25]. Интересно, что эти шесть критических АК идентичны между GD Pangolin-CoV и SARS-CoV-2 [16]. Напротив, хотя геномы SARS-CoV-2 и RaTG13 в целом более схожи, только один из шести функциональных сайтов у этих двух вирусов идентичен (рис.1Б). Было высказано предположение, что область RBD SARS-CoV-2 белка-шипа могла возникнуть в результате недавних событий рекомбинации у ящеров [16-18]. Хотя несколько древних событий рекомбинации были описаны в spike [29,30], также кажется вероятным, что идентичные функциональные сайты в SARS-CoV-2 и GD Pangolin-CoV могут на самом деле возникать в результате случайной конвергентной эволюции [18].

Если бы функциональные остатки AA в области RBD SARS-CoV-2 были получены от GD Pangolin-CoV в результате недавней рекомбинации, можно было бы ожидать, что нуклеотидные последовательности этой области будут почти идентичными у двух вирусов.Однако для последовательностей CDS, которые охватывают пять критических сайтов AA в спайке SARS-CoV-2 (в диапазоне от кодона 484 до 507, охватывающем пять смежных функциональных сайтов: F486, Q493, S494, N501 и Y505; рис. S3), мы оценили dS = 0,411, dN = 0,019 и ω = 0,046 между SARS-CoV-2 и GD Pangolin-CoV. Если предположить, что скорость синонимичного замещения ( u ) составляет 1,67–4,67 × 10 –3 / сайт / год, как оценивается в SARS-CoV [31], рекомбинация / интрогрессия, если она вообще имела место, была бы оценена случиться примерно 19.2–53,7 года назад. Здесь формула | $ t \ = \ dS / ({u \ times \ 2 \ \ times \ 2.29}) $ | использовался для расчета времени расхождения; Обратите внимание, что для этого расчета учитывалась повышенная частота мутаций шипа . Таким образом, кажется очень маловероятным, что SARS-CoV-2 произошел от GD Pangolin-CoV из-за совсем недавнего события рекомбинации. Скорее, более вероятно, что высокая частота мутаций в шипе в сочетании с сильным естественным отбором сформировала идентичные функциональные остатки AA между этими двумя вирусами, как предполагалось ранее [18].Хотя эти сайты поддерживаются в SARS-CoV-2 и GD Pangolin-CoV, мутации могли изменить остатки в линии RaTG13 после того, как она отделилась от SARS-CoV-2 (синяя стрелка на рис. 1A). Таким образом, общая идентичность критических сайтов AA между SARS-CoV-2 и GD Pangolin-CoV может быть обусловлена ​​случайными мутациями, связанными с естественным отбором, а не рекомбинацией.

Селективные ограничения и положительный отбор во время эволюции SARS-CoV-2 и родственных коронавирусов

Значение ω для всего генома SARS-CoV-2 и других вирусов варьировалось от 0.От 044 до 0,124 (таблица 1), что свидетельствует о сильном отрицательном отборе на несинонимичных сайтах. Другими словами, от 87,6% до 95,6% несинонимичных мутаций было удалено отрицательным отбором во время вирусной эволюции. Чтобы определить степень положительного отбора, мы объединили последовательности CDS 9 консервативных открытых рамок считывания во всех вирусах на рис. 1A и подобрали M7 (бета: нейтральный и отрицательный отбор) и M8 (бета + ω> 1: нейтральный, отрицательный отбор. , и положительный отбор) с использованием CODEML (Материалы и методы).Модель M8 ( lnL = −104 813,732, np = 18) была значительно лучше подходящей, чем модель M7 ( lnL = −105 063,284, np = 16) ( P <10 −10 ), предполагая, что некоторые замены AA были одобрены положительным дарвиновским отбором (но не обязательно в линии SARS-CoV-2). В рамках модели M8 98,48% ( p 0 ) несинонимичных замен были оценены при нейтральной эволюции или очищающем отборе (0 ≤ ω ≤1), и 1.52% ( p 1 ) несинонимичных замен находились под положительным отбором (ω = 1,50). Байесовский эмпирический байесовский анализ (BEB) подтвердил, что 10 AA сайтов показали сильные сигналы положительного отбора, и, что интересно, три из них были расположены в RBD спайка, в том числе в одном критическом сайте (Fig. 1C и Fig. S4). Таким образом, хотя эти коронавирусы, как правило, подвергались очень сильному отрицательному отбору, положительный отбор также отвечал за эволюцию белковых последовательностей.Эти предположительно выбранные сайты заслуживают дальнейших функциональных исследований.

Мутации в 103 геномах SARS-CoV-2

Мы загрузили 103 общедоступных генома SARS-CoV-2, выровняли последовательности и идентифицировали генетические варианты. Для простоты визуализации мы пометили каждый штамм вируса на основе местоположения и даты выделения вируса в формате «Location_Date» на протяжении всего исследования (подробности см. В таблице S1; каждый идентификатор не содержал информации о расе или этнической принадлежности пациента). .Хотя SARS-CoV-2 представляет собой РНК-вирус, для простоты мы представили наши результаты, основанные на результатах секвенирования ДНК на протяжении всего этого исследования (, то есть , нуклеотид T (тимин) означает U (урацил) в SARS-CoV-2). Для каждого варианта предковое состояние было выведено на основании генома и выравнивания CDS SARS-CoV-2 (NC_045512), RaTG13 и GD Pangolin-CoV (Материалы и методы). Всего мы идентифицировали мутации в 149 сайтах в 103 секвенированных штаммах. Были однозначно выведены родовые состояния 43 синонимичных, 83 несинонимичных и двух мутаций стоп-выигрыша.Частотные спектры синонимичных и несинонимичных мутаций представлены на рис. 2.

Рисунок 2.

Частотные спектры производных мутаций 103 вирусов SARS-CoV-2. Обратите внимание на то, что производные аллели синонимичных мутаций смещены в сторону более высоких частот, чем аллели несинонимичных мутаций.

Рисунок 2.

Частотные спектры производных мутаций 103 вирусов SARS-CoV-2. Обратите внимание на то, что производные аллели синонимичных мутаций смещены в сторону более высоких частот, чем аллели несинонимичных мутаций.

Большинство полученных мутаций были одиночными (65,1% (28/43) синонимичных мутаций и 84,3% (70/83) несинонимичных мутаций), что указывает либо на недавнее происхождение [32], либо на рост популяции [33]. В целом производные аллели синонимичных мутаций были значительно искажены в сторону более высоких частот, чем таковые несинонимичных мутаций ( P <0,01, критерий суммы рангов Вилкоксона; рис.2), предполагая, что несинонимичные мутации, как правило, отбирались против. Однако 16,3% (7 из 43) синонимичных мутаций и одна несинонимичная (ORF8 (L84S, 28,144)) мутация имели производную частоту ≥ 70% для штаммов SARS-CoV-2.Несинонимичные мутации, которые привели к аллелям как минимум двух штаммов SARS-CoV-2, затронули шесть белков: orf1ab (A117T, I1607V, L3606F, I6075T), S (h59Y, V367F), ORF3a (G251V), ORF7a (P34S), ORF8. (V62L, S84L) и N (S194L, S202N, P344S).

Две основные линии SARS-CoV-2, определяемые двумя связанными SNP

Чтобы обнаружить возможную рекомбинацию среди вирусов SARS-CoV-2, мы использовали Haploview [34] для анализа и визуализации паттернов неравновесия по сцеплению (LD) между вариантами с минорными аллелями как минимум в двух штаммах SARS-CoV-2 (рис.3А). Поскольку большинство мутаций происходили с очень низкой частотой, неудивительно, что многие пары имели очень низкое значение r 2 или LOD (рис. 3B и C). В соответствии с недавним отчетом [33], мы не нашли доказательств рекомбинации между штаммами SARS-CoV-2.

Рисунок 3.

Неравновесие по сцеплению между SNP в вирусах SARS-CoV-2. (A) График LD любых двух пар SNP среди 29 сайтов, которые имеют минорные аллели как минимум в двух штаммах.Число возле косой черты вверху изображения показывает координаты сайтов в геноме. Цвет в квадрате дан по стандарту (D ‘/ LOD), а число в квадрате — r 2 значение. (B) r 2 каждой пары SNP ( y -ось) против геномного расстояния между этой парой ( x -ось). (C) LOD каждой пары SNP ( y -ось) против геномного расстояния между этой парой ( x -ось). Обратите внимание, что как в (B), так и в (C) красная точка представляет собой LD между SNP в 8,782 и 28,144.

Рисунок 3.

Неравновесие по сцеплению между SNP в вирусах SARS-CoV-2. (A) График LD любых двух пар SNP среди 29 сайтов, которые имеют минорные аллели как минимум в двух штаммах. Число возле косой черты вверху изображения показывает координаты сайтов в геноме. Цвет в квадрате дан по стандарту (D ‘/ LOD), а число в квадрате — r 2 значение. (B) r 2 каждой пары SNP ( y -ось) против геномного расстояния между этой парой ( x -ось).(C) LOD каждой пары SNP ( y -ось) против геномного расстояния между этой парой ( x -ось). Обратите внимание, что как в (B), так и в (C) красная точка представляет собой LD между SNP в 8,782 и 28,144.

Однако мы обнаружили, что SNP в местоположении 8,782 ( orf1ab : T8517C, синоним) и 28,144 ( ORF8 : C251T, S84L) показали значительную связь со значением r 2 , равным 0,954 (рис. 3B). , красный) и значение LOD 50,13 (рис. 3C, красный).Среди 103 штаммов вируса SARS-CoV-2 101 из них продемонстрировал полное сцепление между двумя SNP: 72 штамма имели гаплотип «CT» (определяемый как линия «L», потому что T28,144 находится в кодоне лейцина) и 29 штаммов. штаммы проявляли гаплотип «TC» (определяемый как линия «S», потому что C28,144 находится в кодоне серина) в этих двух сайтах. Таким образом, мы разделили вирусы SARS-CoV-2 на две основные линии, при этом L является основным (~ 70%), а S — второстепенным (~ 30%).

Эволюционная история линий L и S

Хотя мы определили линии L и S на основе двух тесно связанных SNP, что поразительно, разделение между линиями L (синий) и S (красный) сохранялось, когда мы реконструировали сети гаплотипов с использованием всех SNP в SARS-CoV- 2 генома (рис.4А; количество мутаций между двумя соседними гаплотипами вычислялось экономно). Этот анализ также подтверждает идею о том, что два связанных SNP на сайтах 8,782 и 28,144 адекватно определяют L- и S-линии SARS-CoV-2.

Рисунок 4.

Анализ гаплотипов вирусов SARS-CoV-2. (A) Сети гаплотипов вирусов SARS-CoV-2. Синий представляет линию передачи L, а красный — линию передачи S. Обратите внимание, что в этом исследовании мы пометили каждый образец уникальным идентификатором, начиная с геологического местоположения и заканчивая датой выделения вируса (подробности см. В таблице S1).Каждый идентификатор не содержал информации о расе или этнической принадлежности пациента. ZJ, Zhejiang; YN, Юньнань; WH, Ухань; США, Соединенные Штаты Америки; TW, Тайвань; SZ, Шэньчжэнь; SD, Шаньдун; Южная Каролина, Сычуань; JX, Цзянси; JS, Цзянсу; HZ, Ханчжоу; GZ, Гуанчжоу; GD, Гуандун; ФС, Фошань; CQ, Чунцин. (B) Эволюция линий L и S вирусов SARS-CoV-2. ‘.’, Нуклеотидная последовательность идентична; ‘-‘, зазор.

Рисунок 4.

Анализ гаплотипов вирусов SARS-CoV-2. (A) Сети гаплотипов вирусов SARS-CoV-2.Синий представляет линию передачи L, а красный — линию передачи S. Обратите внимание, что в этом исследовании мы пометили каждый образец уникальным идентификатором, начиная с геологического местоположения и заканчивая датой выделения вируса (подробности см. В таблице S1). Каждый идентификатор не содержал информации о расе или этнической принадлежности пациента. ZJ, Zhejiang; YN, Юньнань; WH, Ухань; США, Соединенные Штаты Америки; TW, Тайвань; SZ, Шэньчжэнь; SD, Шаньдун; Южная Каролина, Сычуань; JX, Цзянси; JS, Цзянсу; HZ, Ханчжоу; GZ, Гуанчжоу; GD, Гуандун; ФС, Фошань; CQ, Чунцин.(B) Эволюция линий L и S вирусов SARS-CoV-2. ‘.’, Нуклеотидная последовательность идентична; ‘-‘, зазор.

Чтобы определить эволюционные изменения, связанные с линиями L и S, мы исследовали геномное выравнивание SARS-CoV-2 и других родственных вирусов. Поразительно, но нуклеотиды линии S в сайтах 8,782 и 28,144 были идентичны ортологическим сайтам в наиболее близких вирусах (рис. 4B). Примечательно, что оба сайта были хорошо сохранены и для других вирусов.Следовательно, хотя линия L (~ 70%) была более распространенной, чем линия S (~ 30%) в исследованных нами вирусах SARS-CoV-2, линия S была эволюционно более связана с коронавирусами животных.

Для дальнейшего изучения взаимосвязи между штаммами в линиях L и S мы реконструировали филогенетическое дерево всех 103 вирусов SARS-CoV-2 на основе их полногеномных последовательностей. Наше филогенетическое древо также ясно показывает разделение двух линий (рис. 5). Вирусы линии L (синий) сгруппированы вместе, и аналогично вирусы линии S (красный) также были более тесно связаны друг с другом.Таким образом, наши полногеномные сравнения дополнительно подтверждают разделение линий L и S.

Рисунок 5.

Некорневое филогенетическое древо 103 геномов SARS-CoV-2. Идентификатор каждого образца такой же, как на фиг. 4A. Примечание WH_2019 / 12 / 31.a представляет собой эталонный геном (NC_045512). Обратите внимание, что SZ_2020 / 01 / 13.a имел C в положениях 8,782 и 28,144 в геноме, не принадлежащих ни к L, ни к S линиям.

Рис. 5.

Некорневое филогенетическое древо 103 геномов SARS-CoV-2.Идентификатор каждого образца такой же, как на фиг. 4A. Примечание WH_2019 / 12 / 31.a представляет собой эталонный геном (NC_045512). Обратите внимание, что SZ_2020 / 01 / 13.a имел C в положениях 8,782 и 28,144 в геноме, не принадлежащих ни к L, ни к S линиям.

Кроме того, наш анализ мутационной нагрузки показал, что линия L накопила значительно большее количество производных мутаций, чем линия S ( P <0,0001, критерий суммы рангов Вилкоксона; рис. S5). В будущих исследованиях необходимо выяснить, могут ли эти две линии иметь разные скорости передачи или репликации.

Эти результаты подтверждают мнение о том, что две линии вирусов SARS-CoV-2 могли испытывать разное селективное давление. Следует отметить, что приведенный выше анализ был основан на ограниченных геномах SARS-CoV-2, которые были собраны из разных мест в разные моменты времени. Для дальнейшей проверки нашей гипотезы требуются более полные геномные данные.

Гетероплазма вирусов SARS-CoV-2 у пациентов

Мы обнаружили, что последовательность вирусов, выделенная от одного пациента, проживавшего в США

21 января (USA_2020 / 01/21.a, GISAID ID: EPI_ISL_404253) имел генотип Y (C или T) в обеих позициях 8,782 и 28,144, что отличается от общей тенденции наличия либо C, либо T. Хотя новые мутации могут привести к такому результату, самое экономное объяснение заключается в том, что этот пациент мог быть инфицирован как линиями L, так и S (рис. 6). Образец USA_2020 / 01 / 21.a был взят у 63-летней пациентки, проживающей в Чикаго (из GISAID). На основе отчета Центров США по контролю и профилактике заболеваний (https: // www.cdc.gov/media/releases/2020/p0124-second-travel-coronavirus.html).

Рисунок 6.

Гетероплазмия вирусов SARS-CoV-2 у людей. Вирусы, выделенные от пациента, проживавшего в США (USA_2020 / 01 / 21.a, GISAID ID: EPI_ISL_404253), имели генотип Y (C или T) на уровне 8,782 и 28,144. Наиболее вероятное объяснение состоит в том, что этот пациент был инфицирован как линиями L, так и S. Обратите внимание, что это ссылка на происхождение L.

Рисунок 6.

Гетероплазмия вирусов SARS-CoV-2 у людей. Вирусы, выделенные от пациента, проживавшего в США (USA_2020 / 01 / 21.a, GISAID ID: EPI_ISL_404253), имели генотип Y (C или T) на уровне 8,782 и 28,144. Наиболее вероятное объяснение состоит в том, что этот пациент был инфицирован как линиями L, так и S. Обратите внимание, что это ссылка на происхождение L.

Для дальнейшего исследования гетероплазмии вирусов SARS-CoV-2 у пациентов мы провели поиск в 12 библиотеках глубокого секвенирования геномов SARS-CoV-2, которые были депонированы в Архиве чтения последовательностей (SRA) (Таблица S3, Материалы и методы) .Мы обнаружили 17 геномных сайтов, которые продемонстрировали доказательства гетероплазмии вируса SARS-CoV-2 у пяти пациентов, но мы не нашли других случаев сосуществования линий L и S ни у одного пациента (таблица 2). Эти результаты указывают на сложность эволюции SARS-CoV-2. Дальнейшие исследования, изучающие, как разные аллели вирусов SARS-CoV-2 конкурируют друг с другом, будут иметь большое значение.

Таблица 2.

Гетероплазмия вирусов SARS-CoV-2 у людей.

9016 12/2 9016/12e h е EPI EPI
Регистрационный номер . Геномное положение . Ref аллель . Аллель Alt . Ссылка читает . Альтернативное чтение . Location_date . GISAID ID .
SRR101 1821 G A 52 5 WH_2020 / 01/02.a EPI_ISL_406716
SRR101 19164 C T 40 12 WH_2020 / 01 / 02ISL 102 67 WH_2020 / 01 / 02.a EPI_ISL_406716
SRR101 26314 G A 15 2 9016 WH2 15 2 9016 WH1a EPI_ISL_406716
SRR101 26590 T C 10 2 WH_2020 / 01 / 02IS 115162 164 26 WH_2020 / 01 / 02.b EPI_ISL_406717
SRR110 9064 TTAT TT TT EPI_ISL_402124
SRR110 17825 C T 19 5 WH_2019 / 12 / 30.e WH_2019 / 12 / 30.e WH_2019 / 12 / 30.e EPI 10 4 WH_2019 / 12 / 30.h EPI_ISL_402130
SRR110 6360 A G 12 5 EPI_ISL_402130
SRR110 7042 G A 5 3 WH_2019 / 12 / 30.h SRR110 WH_2019 / 12 / 30.h 15 13 WH_2019 / 12 / 30.h EPI_ISL_402130
SRR110 15921 G T 12.h EPI_ISL_402130
SRR110 16474 A G 11 2 WH_2019 / 12 / 12IS 30.h21_162 19 2 WH_2019 / 12 / 30.h EPI_ISL_402130
SRR110 565 T C 12 EPI_ISL_402124
SRR110 17825 C T 141 34 WH_2019 / 12IS / 30.e12162 6 2 WH_2019 / 12 / 30.d EPI_ISL_402127
40 ч 9016e EPI 902 -2 вируса у людей.

Регистрационный номер . Геномное положение . Ref аллель . Аллель Alt . Ссылка читает . Альтернативное чтение . Location_date . GISAID ID .
SRR101 1821 G A 52 5 WH_2020 / 01 / 02.a EPI_ISL_16216 9016 9016 901 12 WH_2020 / 01/02. EPI_ISL_406716
SRR101 24323 A C 102 67 WH_2020 / 01 / 02.A 15 2 WH_2020 / 01 / 02.a EPI_ISL_406716
SRR101 26590 T C 10 2 C 10 2 9016 WH202 10 2 9016 WH2a EPI_ISL_406716
SRR102 11563 C T 164 26 WH_2020 / 01 / 02.b. 13 2 WH_2019 / 12 / 30.e EPI_ISL_402124
SRR110 17825 C T 12.е EPI_ISL_402124
SRR110 4795 C T 10 4 WH_2019 / 12 / 12IS 30.h59_162 39 5 WH_2019 / 12 / 30.h EPI_ISL_402130
SRR110 7042 G A 12 3 EPI_ISL_402130
SRR110 12153 C T 15 13 WH_2019 / 12 / 12IS 30.h21 9016 SRR1 EPI 30. h 19 2 WH_2019 / 12 / 30.h EPI_ISL_402130
SRR110 16474 A G 12.h EPI_ISL_402130
SRR110 20344 C T 19 2 WH_2019 / 12 / 12IS 30. h 64 23 WH_2019 / 12 / 30.e EPI_ISL_402124
SRR110 17825 C T 341 EPI_ISL_402124
SRR110 29441 C A 6 2 WH_2019 / 12ISL_402124 WH_2019 / 12ISL000
40 ч 9016e . 40 ч 9016_402 9016 9016_40 9016 9016 9016_402 9016 12/6d
Регистрационный номер . Геномное положение . Ref аллель . Аллель Alt . Ссылка читает . Альтернативное чтение . Location_date . GISAID ID .
SRR101 1821 G A 52 5 WH_2020 / 01 / 02.a EPI_ISL_16216 9016 9016 901 12 WH_2020 / 01/02. EPI_ISL_406716
SRR101 24323 A C 102 67 WH_2020 / 01 / 02.A 15 2 WH_2020 / 01 / 02.a EPI_ISL_406716
SRR101 26590 T C 10 2 C 10 2 9016 WH202 10 2 9016 WH2a EPI_ISL_406716
SRR102 11563 C T 164 26 WH_2020 / 01 / 02.b. 13 2 WH_2019 / 12 / 30.e EPI_ISL_402124
SRR110 17825 C T 12.е EPI_ISL_402124
SRR110 4795 C T 10 4 WH_2019 / 12 / 12IS 30.h59_162 39 5 WH_2019 / 12 / 30.h EPI_ISL_402130
SRR110 7042 G A 12 3 EPI_ISL_402130
SRR110 12153 C T 15 13 WH_2019 / 12 / 12IS 30.h21 9016 SRR1 EPI 30. h 19 2 WH_2019 / 12 / 30.h EPI_ISL_402130
SRR110 16474 A G 12.h EPI_ISL_402130
SRR110 20344 C T 19 2 WH_2019 / 12 / 12IS 30. h 64 23 WH_2019 / 12 / 30.e EPI_ISL_402124
SRR110 17825 C T 341 EPI_ISL_402124
SRR110 29441 C A 6 2 WH_2019 / 12/3014 WH_2019 / 12 / 30.d4 Геномное положение . Ref аллель . Аллель Alt . Ссылка читает . Альтернативное чтение . Location_date . GISAID ID .
SRR101 1821 G A 52 5 WH_2020 / 01 / 02.a EPI_ISL_16216 9016 9016 901 12 WH_2020 / 01 / 02.a EPI_ISL_406716
SRR101 24323 A C 90_2 102 .a EPI_ISL_406716
SRR101 26314 G A 15 2 WH_2020 / 01 / 02.A WH_2020 / 01ISS SRR10 10 2 WH_2020 / 01 / 02.a EPI_ISL_406716
SRR102 11563 C T C T 61 161 9016 WH202 61 164 9016 02b EPI_ISL_406717
SRR110 9064 TTAT TT 13 2 WH_2019 / 12 / 30.e WH_2019 / 12 / 30.e WH_2019 / 12 / 30.e WH_2019 / 12 / 30.e WH_2019 / 12 / 30.e EPI_IS 19 5 WH_2019 / 12 / 30.e EPI_ISL_402124
SRR110 4795 C T 12 4 EPI_ISL_402130
SRR110 6360 A G 39 5 WH_2019 / 12 / 30. h SRR110 WH_2019 / 12 / 30.h SRR110 WH_2019 / 12 / 30.h 5 3 WH_2019 / 12 / 30.h EPI_ISL_402130
SRR110 12153 C T 12 13/9016 WH 30202 12 13/16ч EPI_ISL_402130
SRR110 15921 G T 19 2 WH_2019 / 12 / 12IS 30.h21 61 11 2 WH_2019 / 12 / 30.h EPI_ISL_402130
SRR110 20344 C T 12.ч EPI_ISL_402130
SRR110 565 T C 64 23 WH_2019 / 12 / 30.e WH_2019 / 12 / 30.e EPI_IS 141 34 WH_2019 / 12 / 30.e EPI_ISL_402124
SRR110 29441 C A EPI_ISL_402127

ОБСУЖДЕНИЕ

В этом исследовании мы исследовали закономерности молекулярной дивергенции между SARS-CoV-2 и другими родственными коронавирусами. Хотя геномный анализ показал, что SARS-CoV-2 был наиболее близок к RaTG13, их разница в нейтральных сайтах была намного выше, чем предполагалось ранее. Наши результаты предоставляют новые идеи для отслеживания промежуточного естественного хозяина SARS-CoV-2. Путем популяционно-генетического анализа 103 геномов SARS-CoV-2 мы обнаружили, что вирусы SARS-CoV-2 имеют две основные линии (линии L и S), и эти две линии четко определены всего двумя SNP, которые показывают полное сцепление между Штаммы SARS-CoV-2.Было обнаружено, что линия L (~ 70%) более распространена, чем линия S (~ 30%), в исследованных нами вирусах SARS-CoV-2, наш эволюционный анализ показал, что S, по-видимому, больше связана с коронавирусами у животных.

Поскольку несинонимичные сайты обычно подвергаются более сильному отрицательному отбору, чем синонимичные сайты, вычисление различий в последовательностях без разделения этих двух классов сайтов может привести к потенциально значительной недооценке степени молекулярной дивергенции. Например, хотя общие нуклеотиды между SARS-CoV-2 и RaTG13 различались только на ~ 4%, среднее значение dS для генома, которое обычно является нейтральным прокси, было равно 0.17 между этими двумя вирусами (Таблица 1). Следует отметить, что значение dS для всего генома составляет 0,012 между людьми и шимпанзе [35] и 0,08 между людьми и макаками-резусами [36]. Таким образом, нейтральная молекулярная дивергенция между SARS-CoV-2 и RaTG13 в 14 раз больше, чем между людьми и шимпанзе, и в два раза больше, чем между людьми и макаками. Среднее геномное значение dS между SARS-CoV-2 и GD Pangolin-CoV составляет 0,469, что сопоставимо со значением dS между людьми и мышами (0,5) [37], а значение dS между SARS-CoV-2 и GX Pangolin-Cov еще больше (0.722). Масштаб этих мер предполагает, что нам, возможно, следует учитывать разницу в нейтральном развивающемся сайте, а не разницу во всех нуклеотидных последовательностях при отслеживании происхождения и естественного промежуточного хозяина SARS-CoV-2.

В этой работе мы предлагаем разделить SARS-CoV-2 на две основные линии (L и S). Интересно, что линии S и L могут быть четко определены только двумя тесно связанными SNP в положениях 8,782 ( orf1ab : T8517C, синоним) и 28,144 ( ORF8, : C251T, S84L). orf1ab , который кодирует репликазу / транскриптазу, необходим для репликации вирусного генома, а также может быть важным для вирусного патогенеза [38]. Хотя мутация T8517C в orf1ab не изменяет последовательность белка (она меняет кодон AGT (Ser) на AGC (Ser)), она может повлиять на трансляцию orf1ab , поскольку AGT является предпочтительным, а AGC — нежелательным (Таблица S2). ORF8 способствует экспрессии ATF6, фактора ответа развернутого белка ER в клетках человека [39].Таким образом, будет интересно исследовать функцию изменения S84L AA в ORF8, а также комбинаторный эффект этих двух мутаций в патогенезе SARS-CoV-2.

Как отмечалось ранее [19], данные, изученные в этом исследовании, все еще очень ограничены, и для лучшего понимания эволюции и эпидемиологии SARS-CoV-2 необходим последующий анализ большего набора данных.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

Молекулярная эволюция SARS-CoV-2 и других родственных вирусов

Набор из 103 полных последовательностей генома был загружен с GISAID (Глобальная инициатива по обмену всеми данными о гриппе; https: // www.gisaid.org/) с признательностью, GenBank (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank) и NMDC (http://nmdc.cn/#/nCoV). Последовательности и аннотации эталонного генома SARS-CoV-2 (NC_045512) и других родственных вирусов были загружены из GenBank, GISAID или Genome Warehouse. Два генома коронавируса из Guangdong Pangolins были загружены из GISAID (EPI_ISL_410544) и Genome Warehouse (GWHABKW00000000; подтверждение см. В таблице S1). Мы объединили их, чтобы построить согласованную последовательность. Геномные последовательности SARS-CoV-2 были выровнены с использованием MUSCLE v3.8.31 [40].

Аннотированные CD-диски других вирусов были загружены из GenBank. Чтобы избежать пропуска аннотаций в других вирусах, мы также аннотировали ORF, используя CDS, аннотированные в SARS-CoV-2, используя Exonerate (–model protein2genome: bestfit –score 5 -g y) [41]. Последовательности белка SARS-CoV-2 и других родственных вирусов были выровнены с MUSCLE v3.8.31 [40], а выравнивание кодонов было выполнено на основе выравнивания белков с RevTrans [42]. Выравнивания кодонов консервативных ORF были дополнительно объединены для последующего эволюционного анализа.Филогенетическое дерево было построено методом объединения соседей в MEGA-X [43] с использованием параметров 2-параметрической модели Кимуры, при этом учитывались только третьи позиции кодонов. YN00 из PAML v4.9a [22] использовался для расчета попарного расхождения между SARS-CoV-2 и другими вирусами для каждого отдельного гена или для сцепленных последовательностей. Модель свободного отношения в CODEML в пакете PAML [22] использовалась для расчета значений dN, dS и ω для каждой ветви.

Положительно выбранные аминокислоты

Положительный отбор был обнаружен с помощью EasyCodeML [44], недавно опубликованной оболочки CODEML [22].Сравнивались модели M7 и M8. В модели M7 ω следует бета-распределению таким образом, что 0 ≤ ω ≤ 1, а в модели M8 доля сайтов p 0 имеет ω, взятую из бета-распределения, а остальные сайты имеют долю p 1 положительно выбраны и имеют ω 1 > 1. LRT между моделями M7 и M8 были проведены путем сравнения удвоенной разницы в значениях логарифма правдоподобия (2 ln Δl) с распределением χ 2 (df = 2). Положительно выбранные сайты были идентифицированы с оценкой байесовского эмпирического байесовского балла (BEB) больше 0.95.

Сеть гаплотипов

DnaSP v6.12.03 [45] использовался для генерации данных выровненных по множеству последовательностей гаплотипов, а PopART v1.7 [46] использовался для построения сетей гаплотипов на основе гаплотипов, созданных DnaSP. RAxML v8.2.12 [47] был использован для построения филогенетического дерева максимального правдоподобия 103 выровненных геномов SARS-CoV-2 с параметрами «-p 1234 -m GTRCAT».

Процесс вызова SNP

Мы загрузили 12 библиотек метагеномного секвенирования SARS-CoV-2 (таблица S2) и сопоставили показания NGS с эталонным геномом SARS-CoV-2 (NC_045512) с помощью BWA (0.7.17-r1188) [48] с параметрами по умолчанию. Вызов SNP выполнялся с использованием bcftools mpileup (bcftools 1.9) [49].

Анализ систематической ошибки использования кодонов

Мы рассчитали значение RSCU (Relative Synonymous Codon Usage) для каждого кодона в эталонном геноме SARS-CoV-2 (NC_045512). Значение RSCU для каждого кодона представляло собой наблюдаемую частоту этого кодона, деленную на его ожидаемую частоту при равном использовании среди аминокислот [50]. Кодоны с RSCU> 1 были определены как предпочтительные кодоны, а с RSCU <1 были определены как нежелательные кодоны.Значение FOP (частота оптимальных кодонов) каждого гена рассчитывали как количество предпочтительных кодонов, деленное на общее количество предпочтительных и нежелательных кодонов.

Благодарности

Авторы благодарят исследователей, которые сгенерировали и поделились данными секвенирования из GISAID (https://www.gisaid.org/), на которых основано это исследование. Мы благодарим доктора Чун-И Ву, Хун Ву, Хунья Гу, Липин Вэй, Сюэмэй Лу, Вэйвэй Чжай, Гуодун Ван, Сяодун Су, Кепин Ху и Лейлян Чжан за содержательные комментарии к этому исследованию.Эта работа была поддержана грантом Национального фонда естественных наук Китая (№ 301) компании J.L. JC при поддержке программы CAS Pioneer Hundred Talents Program.

Заявление о конфликте интересов. Не заявлено.

ССЫЛКИ

1.

Лю

R

,

Zhao

X

,

Li

J

et al.

Геномная характеристика и эпидемиология нового коронавируса 2019 г .: влияние на происхождение вируса и связывание с рецептором

.

Ланцет

2020

;

395

:

565

74

.2.

Чжоу

,

Ян

XL

,

Ван

XG

и др.

Вспышка пневмонии, связанная с новым коронавирусом, вероятно, происхождения летучих мышей

.

Природа

2020

;

579

:

270

3

.3.

Ren

L-L

,

Wang

Y-M

,

Wu

Z-Q

et al.

Идентификация нового коронавируса, вызывающего тяжелую пневмонию у человека

.

Chin Med J

2020

;

133

:

1015

24

.4.

Cui

Дж

,

Li

F

,

Shi

Z-L

.

Происхождение и эволюция патогенных коронавирусов

.

Nat Rev Microbiol

2019

;

17

:

181

92

. 5.

Ли

Х

,

Song

Y

,

Wong

G

et al.

Летучая мышь: происхождение нового коронавируса человека: туда и обратно

.

Sci China Life Sci

2020

;

63

:

461

2

.6.

Ли

Вт

,

Shi

Z

,

Yu

M

et al.

Летучие мыши являются естественными резервуарами SARS-подобных коронавирусов

.

Наука

2005

;

310

:

676

9

.7.

Домингес

SR

,

O’Shea

TJ

,

Oko

LM

et al.

Обнаружение коронавирусов группы 1 у летучих мышей в Северной Америке

.

Emerg Infect Dis

2007

;

13

:

1295

300

.8.

Wu

А

,

Peng

Y

,

Huang

B

et al.

Состав генома и расхождение нового коронавируса (2019-nCoV), происходящего из Китая

.

Cell Host Microbe

2020

;

27

:

325

8

.9.

Сюй

Х

,

Chen

P

,

Wang

J

et al.

Эволюция нового коронавируса в результате продолжающейся вспышки в Ухане и моделирование его шипового белка для оценки риска передачи вируса от человека

.

Sci China Life Sci

2020

;

63

:

457

60

. 10.

Бенвенуто

D

,

Giovanetti

M

,

Ciccozzi

A

et al.

Эпидемия нового коронавируса 2019 года: свидетельства эволюции вируса

.

J Med Virol

2020

;

92

:

455

9

. 11.

Чжу

N

,

Zhang

D

,

Wang

W

et al.

Новый коронавирус от пациентов с пневмонией в Китае, 2019

.

N Engl J Med

2020

;

382

:

727

33

.12.

Чан

JF

,

Kok

KH

,

Zhu

Z

et al.

Геномная характеристика нового патогенного для человека коронавируса 2019 г., выделенного от пациента с атипичной пневмонией после посещения Ухани

.

Emerg Microbes Infect

2020

;

9

:

221

36

.13.

Вэй

Х

,

Li

X

,

Cui

J

.

Перспективы эволюции новых коронавирусов, выявленных при пневмонии в Китае

.

Национальная научная редакция

2020

;

7

:

239

42

. 14.

Параскевис

D

,

Костаки

EG

,

Magiorkinis

G

et al.

Полногеномный эволюционный анализ нового вируса короны (2019-nCoV) отвергает гипотезу появления в результате недавнего события рекомбинации

.

Инфекция Genet Evol

2020

;

79

:

104212

.15.

Гралински

LE

,

Menachery

VD

.

Возвращение коронавируса: 2019-nCoV

.

Вирусы

2020

;

12

:

135

.16.

Вонг

MC

,

Cregeen

SJJ

,

Ajami

NJ

et al.

Доказательства рекомбинации коронавирусов, указывающие на происхождение nCoV-2019 из панголинов

.

bioRxiv

2020

. .17.

Сяо

К

,

Чжай

J

,

Feng

Y

et al.

Выделение и характеристика коронавируса, подобного 2019-nCoV, от малайских ящеров

.

bioRxiv

2020

. .18.

Лам

TT

,

Шум

MH

,

Zhu

H

et al.

Идентификация коронавирусов, связанных с SARS-CoV-2, у малайских панголинов

.

Природа

2020

..19.

Wu

C-I

,

Поо

ММ

.

Моральный императив немедленного выпуска данных о последовательности 2019-nCoV

.

Национальная научная редакция

2020

;

7

:

719

20

.20.

Лю

,

Jiang

J-Z

,

Wang

X

et al.

Являются ли панголины промежуточным хозяином нового коронавируса 2019 года (2019-nCoV)?

PLoS Патог

2020

;

16

:

e1008421

,21.

Лю

,

Chen

W

,

Chen

JP

.

Вирусная метагеномика выявила вирус Сендай и коронавирусную инфекцию малайских панголинов (Manis javanica)

.

Вирусы

2019

; ;

11

:

979

.22.

Ян

Z

.

PAML 4: филогенетический анализ методом максимального правдоподобия

.

Мол Биол Эвол

2007

;

24

:

1586

91

. 23.

Hanson

G

,

Коллер

J

.

Оптимальность кодонов, смещение и использование при трансляции и распаде мРНК

.

Nat Rev Mol Cell Biol

2018

;

19

:

20

30

.24.

Ван

Я

,

Shang

J

,

Graham

R

et al.

Распознавание рецепторов новым коронавирусом из Ухани: анализ, основанный на десятилетних структурных исследованиях SARS

.

J Virol

2020

;

94

:

e00127

20

. 25.

Wrapp

D

,

Wang

N

,

Corbett

KS

et al.

Крио-ЭМ структура пика 2019-нКоВ в конформации до слияния

.

Наука

2020

;

367

:

1260

3

.26.

Ou

Х

,

Liu

Y

,

Lei

X

et al.

Характеристика спайкового гликопротеина SARS-CoV-2 при проникновении вируса и его иммунная перекрестная реактивность с спайковым гликопротеином SARS-CoV

.

Нац Коммуна

2020

;

11

:

1620

,27.

Qu

X-X

,

Hao

P

,

Song

X-J

et al.

Идентификация двух критических аминокислотных остатков шипового белка коронавируса тяжелого острого респираторного синдрома для его вариации при переходе к зоонозному тропизму с помощью стратегии двойной замены

.

J Biol Chem

2005

;

280

:

29588

95

. 28.

Ren

Вт

,

Qu

X

,

Li

W

и др.

Разница в использовании рецепторов между коронавирусом тяжелого острого респираторного синдрома (SARS) и SARS-подобным коронавирусом, возникшим у летучих мышей

.

J Virol

2008

;

82

:

1899

907

,29.

Wu

Ф

,

Zhao

S

,

Yu

B

et al.

Новый коронавирус, связанный с респираторным заболеванием человека в Китае

.

Природа

2020

;

579

:

265

9

.30.

Цзи

Вт

,

Wang

W

,

Zhao

X

et al.

Гомологичная рекомбинация в спайковом гликопротеине недавно идентифицированного коронавируса может усилить межвидовую передачу от змеи к человеку

.

J Med Virol

2020

;

92

:

433

40

.31.

Чжао

Z

,

Li

H

,

Wu

X

et al.

Умеренная частота мутаций в геноме коронавируса SARS и ее последствия

.

BMC Evol Biol

2004

;

4

:

21

.32.

Чжан

С

,

Ван

М

.

Время возникновения и динамика эпидемии нового коронавируса 2019 года

.

bioRxiv

2020

. .33.

Ю

W-B

,

Тан

G-D

,

Чжан

L

,

Corlett

RT

.

Расшифровка эволюции и передачи нового коронавируса пневмонии с использованием полных геномных данных

.

Zool Res

2020

;

41

:

247

57

.34.

Барретт

JC

,

Fry

B

,

Maller

J

et al.

Haploview: анализ и визуализация LD и карт гаплотипов

.

Биоинформатика

2005

;

21

:

263

5

.35.

Уотерсон

правая

,

Lander

ES

,

Wilson

RK

et al.

Исходная последовательность генома шимпанзе и сравнение с геномом человека

.

Nature

2005

;

437

:

69

87

. 36.

Гиббс

RA

,

Rogers

J

,

Katze

MG

et al.

Эволюционные и биомедицинские исследования генома макаки резус

.

Наука

2007

;

316

:

222

. 37.

Уотерстон

правая

,

Lindblad-Toh

K

,

Birney

E

et al.

Первоначальное секвенирование и сравнительный анализ генома мыши

.

Nature

2002

;

420

:

520

62

.38.

Грэм

RL

,

Sparks

JS

,

Eckerle

LD

et al.

Белки репликазы коронавируса SARS в патогенезе

.

Virus Res

2008

;

133

:

88

100

.39.

Ху

В

,

Zeng

L-P

,

Yang

X-L

et al.

Обнаружение богатого генофонда коронавирусов, связанных с SARS летучих мышей, позволяет по-новому взглянуть на происхождение коронавируса SARS

.

PLoS Pathog

2017

;

13

:

e1006698

.40.

Эдгар

RC

.

МЫШЦЫ: множественное выравнивание последовательностей с высокой точностью и высокой пропускной способностью

.

Nucleic Acids Res

2004

;

32

:

1792

7

.41.

Слейтер

GS

,

Бирней

E

.

Автоматизированная генерация эвристик для сравнения биологических последовательностей

.

BMC Bioinformatics

2005

;

6

:

31

.42.

Вернерссон

R

,

Педерсен

AG

.

RevTrans: множественное выравнивание кодирующей ДНК из выровненных аминокислотных последовательностей

.

Nucleic Acids Res

2003

;

31

:

3537

9

. 43.

Кумар

S

,

Stecher

G

,

Li

M

et al.

MEGA X: анализ молекулярной эволюционной генетики на вычислительных платформах

.

Мол Биол Эвол

2018

;

35

:

1547

9

. 44.

Гао

Ф

,

Chen

C

,

Arab

DA

et al.

EasyCodeML: визуальный инструмент для анализа выбора с использованием CodeML

.

Ecol Evol

2019

;

9

:

3891

8

.45.

Розас

Дж

,

Ferrer-Mata

A

,

Sanchez-DelBarrio

JC

et al.

DnaSP 6: анализ полиморфизма последовательности ДНК для больших наборов данных

.

Мол Биол Эвол

2017

;

34

:

3299

302

. 46.

Ли

JW

,

Брайант

Д

.

popart: полнофункциональная программа для построения сети гаплотипов

.

Методы Ecol Evol

2015

;

6

:

1110

6

. 47.

Стаматакис

А

.

RAxML версия 8: инструмент для филогенетического анализа и постанализа крупных филогений

.

Биоинформатика

2014

;

30

:

1312

3

.48.

Ли

H

,

Дурбин

R

.

Быстрое и точное согласование коротких считываний с преобразованием Барроуза-Уиллера

.

Биоинформатика

2009

;

25

:

1754

60

. 49.

Ли

H

,

Handsaker

B

,

Wysoker

A

et al.

Формат выравнивания / отображения последовательностей и SAMtools

.

Биоинформатика

2009

;

25

:

2078

9

,50.

Sharp

PM

,

Li

WH

.

Использование кодонов в регуляторных генах у Escherichia coli не отражает отбор «редких» кодонов

.

Nucleic Acids Res

1986

;

14

:

7737

49

.

Заметки автора

© Автор (ы) 2020. Опубликовано Oxford University Press от имени China Science Publishing & Media Ltd.

Это статья в открытом доступе, распространяемая в соответствии с условиями лицензии Creative Commons Attribution License (http://creativecommons.org/ лицензии / by / 4.0 /), что разрешает неограниченное повторное использование, распространение и воспроизведение на любом носителе при условии правильного цитирования оригинальной работы.

Процесс литья под давлением, дефекты, пластик

Калибр
Название материала Аббревиатура Торговые наименования Описание Приложения
Ацеталь ПОМ ​​ Celcon, Delrin, Hostaform, Lucel Прочный, жесткий, отличное сопротивление усталости, отличное сопротивление ползучести, химическая стойкость, влагостойкость, естественно непрозрачный белый цвет, низкая / средняя стоимость Подшипники, кулачки, шестерни, ручки, детали сантехники, ролики, роторы, направляющие скольжения, клапаны
Акрил PMMA Диакон, Ороглас, Люцит, Оргстекло Жесткий, хрупкий, устойчивый к царапинам, прозрачный, оптическая прозрачность, низкая / средняя стоимость Витрины, ручки, линзы, кожухи, панели, отражатели, вывески, полки, подносы
Акрилонитрилбутадиенстирол АБС Cycolac, Magnum, Novodur, Terluran Прочная, гибкая, низкая усадка формы (жесткие допуски), химическая стойкость, способность к нанесению гальванических покрытий, естественная непрозрачность, низкая / средняя стоимость Автомобили (консоли, панели, обшивка, вентиляционные отверстия), ящики, датчики, корпуса, ингаляторы, игрушки
Ацетат целлюлозы CA Dexel, Cellidor, Setilithe Прочный, прозрачный, высокая стоимость Ручки, оправы для очков
Полиамид 6 (нейлон) PA6 Акулон, Ультрамид, Грилон Высокая прочность, сопротивление усталости, химическая стойкость, низкая ползучесть, низкое трение, почти непрозрачный / белый, средняя / высокая стоимость Подшипники, втулки, шестерни, ролики, колеса
Полиамид 6/6 (нейлон) PA6 / 6 Копа, Зитель, Радилон Высокая прочность, сопротивление усталости, химическая стойкость, низкая ползучесть, низкое трение, почти непрозрачный / белый, средняя / высокая стоимость Ручки, рычаги, кожухи, стяжки-молнии
Полиамид 11 + 12 (нейлон) PA11 + 12 Рилсан, Гриламид Высокая прочность, сопротивление усталости, химическая стойкость, низкая ползучесть, низкое трение, почти непрозрачный до прозрачного, очень высокая стоимость Воздушные фильтры, оправы для очков, защитные маски
Поликарбонат ПК , Lexan, Makrolon Очень прочный, термостойкий, стабильность размеров, прозрачный, высокая стоимость Автомобильная промышленность (панели, линзы, консоли), бутылки, контейнеры, кожухи, световые крышки, отражатели, защитные каски и щиты
Полиэстер — термопласт ПБТ, ПЭТ Celanex, Crastin, Lupox, Rynite, Valox Жесткий, термостойкость, химическая стойкость, средняя / высокая стоимость Автомобильная промышленность (фильтры, ручки, насосы), подшипники, кулачки, электрические компоненты (разъемы, датчики), шестерни, корпуса, ролики, переключатели, клапаны
Полиэфирный сульфон PES Victrex, Udel Прочный, очень высокая химическая стойкость, бесцветный, очень высокая стоимость Клапаны
Полиэфирэфиркетон PEEKEEK Прочность, термостойкость, химическая стойкость, стойкость к истиранию, низкое влагопоглощение Детали самолетов, электрические разъемы, рабочие колеса насосов, уплотнения
Полиэфиримид PEI Ultem Термостойкость, огнестойкость, прозрачный (янтарный цвет) Электрокомпоненты (разъемы, платы, переключатели), крышки, кожухи, хирургические инструменты
Полиэтилен низкой плотности ПВД Алкатена, Escorene, Novex Легкий, прочный и гибкий, отличная химическая стойкость, естественный восковой внешний вид, низкая стоимость Кухонная посуда, корпуса, крышки и контейнеры
Полиэтилен высокой плотности ПНД Eraclene, Hostalen, Stamylan Прочный и жесткий, отличная химическая стойкость, естественный восковой внешний вид, низкая стоимость Сиденья, кожухи, чехлы и контейнеры стульев
Оксид полифенилена ППО Норил, Термокомп, Вампоран Прочность, термостойкость, огнестойкость, стабильность размеров, низкое водопоглощение, возможность нанесения гальванических покрытий, высокая стоимость Автомобильная промышленность (корпуса, панели), электрические компоненты, корпуса, сантехнические компоненты
Полифениленсульфид ППС Райтон, Фортрон Очень высокая прочность, жаростойкость, коричневый цвет, очень высокая стоимость Подшипники, крышки, компоненты топливной системы, направляющие, переключатели и щитки
Полипропилен PP Новолен, Appryl, Escorene Легкость, термостойкость, высокая химическая стойкость, устойчивость к царапинам, естественный восковой вид, жесткость и жесткость, низкая стоимость. Автомобили (бамперы, крышки, обшивка), бутылки, колпачки, ящики, ручки, кожухи
Полистирол общего назначения GPPS лак, стирон, соларен Хрупкий, прозрачный, недорогой Упаковка для косметики, ручки
Полистирол — ударопрочный БЕДРА Полистирол, Костил, Полистар Ударная вязкость, жесткость, ударная вязкость, стабильность размеров, естественно полупрозрачный, низкая стоимость Корпуса для электроники, пищевые контейнеры, игрушки
Поливинилхлорид — пластифицированный ПВХ Велвич, Варлан Прочный, гибкий, огнестойкий, прозрачный или непрозрачный, низкая стоимость Электроизоляция, предметы домашнего обихода, медицинские трубки, подошвы для обуви, игрушки
Поливинилхлорид — жесткий UPVC Поликоль, Тросипласт Прочный, гибкий, огнестойкий, прозрачный или непрозрачный, низкая стоимость Наружное применение (водостоки, арматура, желоба)
Стиролакрилонитрил SAN Луран, Арпилен, Starex Жесткий, хрупкий, химическая стойкость, термостойкость, гидролитически стабильный, прозрачный, низкая стоимость Посуда, ручки, шприцы
Термопластичный эластомер / резина TPE / R Hytrel, Santoprene, Sarlink Прочный, гибкий, высокая стоимость Втулки, электрические компоненты, уплотнения, шайбы
.

Добавить комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *